Ставка ПДВ буде 20%.
З одного боку, в разі якщо однією стороною договору є нерезидент, то такий договір вважається зовнішньоекономічним за правилами ЗЕД (ст. 1 Закону про ЗЕД).
Тому для цілей бухобліку така операція є експортом, нерезидент може розраховуватися в валюті за такі поставки.

Ви відповідно складаєте інвойс, акт прийому передачі обладнання на момент передачі товару покупцю чи інший документ, що передбачений договором і по якому фіксується момент відвантаження, ТТН на відвантаження. Додатково накладну в гривні, вважаємо, можете не складати, адже це не класичний продаж на території України, ціна товару у вас визначена в валюті. Якщо ж такий документ додатково вирішили скласти для підтверджуня факту передачі товару та переходу права власності на території України, то її доцільно скласти у гривнях, відобразивши вартість товару відповідно до курсу НБУ на дати отримання авансів. Тобто таким чином, щоб гривневий еквівалент суми передплат був вказаний в накладній. Це допоможе уникнути питань під час перевірок щодо правильності відображення доходу в бухгалтерському обліку і не буде підстав коригувати податкові накладні. Бо навіть за правилами бухобліку в разі передплати дохід визначається по курсу НБУ, що був на момент передплати.

Щодо податкової накладної та ПДВ, то в розумінні ПКУ така операція вважається такою, що оподатковується за ставкою 20%. Адже крім того, що місце постачання (відвантаження) є територія України, такий товар не перетинає митний кордон. Відповідно, експортна митна декларація не оформлюється.
А саме умова наявності оформленої МД є підставою, що дає право застосовувати нульову ставку. Це прямо вказано в пункті "б" ст.187.1 ПКУ.
Дата першої події в разі експорту товарів - дата оформлення митної декларації, що засвідчує факт перетинання митного кордону України, оформлена відповідно до вимог митного законодавства.

Тому в частині ПДВ керуємося загальним правилами, що передбачані для постачань на території України (пункт "б" ст.185.1 ПКУ)
Якщо в вашому випадку першою подією є передплата, то на кожну таку дату оформлення коштів ви повинні скласти та зареєструвати в ЄРПН податкову накладну.

Така ПН складається як на Неплатника з типом причини невидачі 02 та умовним номером 100000000000.
Вартість такого товару визначається за курсом НБУ на дату отримання оплати.
При чому саме на дату надходження коштів на поточний валютний рахунок, не на розподільчий. В цій же ст.187.1 вказано, що в разі передплати першою подією для ПДВ є дата зарахування коштів від покупця/замовника на рахунок платника податку в банку/небанківському надавачу платіжних послуг як оплата товарів/послуг, що підлягають постачанню.
А транзитний (розподільчий) рахунок вам не належить як платнику, ви не можете вільно розпоряджатися цими коштами. Це рахунок, що належить банку.

Щодо питання, чи нараховувати ПДВ "зверху" чи "витягувати" зсередини.
Це повинно бути передбачено договором. Бо якщо в умовах договору вказано, що вартість обладнання включає всі податки та збори, то додатково ПДВ ви не нараховуєте, а витягуєте з суми інвойсу.
Якщо ж вказано, що на цю суму нараховується ПДВ - тоді зверху.

Наприклад, якщо вартість товару умовно 1000 дол в договорі у інвойс виписали покупцю саме на 1000 дол, які він вам сплатить, то тут вже закладено 20% ПДВ.
Бо в іншому випадку, при додаванні ще + 20% ПДВ цю частину ваш покупець просто не буде доплачувати і в бухобліку у вас буде відображатися дебіторська заборгованість.

Раді допомогти, звертайтесь ще!