Перехід на загальну систему: наслідки ПДВ при благодійних передачах

Так, в вашому випадку потрібно скласти дві ПН: на фактичну ціну постачання та на суму перевищення такого постачання над мінімальною базою.
Конкретний перелік виключень, коли операції звільнені від ПДВ при передачі в вигляді благодійної допомоги визначений в п.197.1.15 ПКУ. https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4722

Зокрема, надання благодійної допомоги, зокрема безоплатне постачання товарів/послуг благодійним організаціям, утвореним і зареєстрованим відповідно до законодавства, а також надання такої допомоги благодійними організаціями набувачам (суб'єктам) благодійної допомоги відповідно до законодавства про благодійну діяльність та благодійні організації.
Під безоплатним постачанням слід розуміти постачання товарів/послуг благодійним організаціям та набувачам благодійної допомоги без будь-якої грошової, матеріальної або інших видів компенсації. У разі недотримання умов, визначених цим підпунктом, такі операції оподатковуються на загальних підставах.

Як бачимо, у вашому випадку така лабораторія не входить до цього переліку. Тому діють загальні правила в частині ПДВ. Тому за загальним правилом, операції з безоплатної передачі товарів прирівнюються до постачання і є об'єктом оподаткування ПДВ (ст.185.1 ПКУ).

Податківці наголошують в ЗІР (категорія 101.16),
https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=38047
якщо вартість товарів або послуг, переданих безоплатно, не враховується у складі оподатковуваних операцій, це вважається самостійною операцією з безоплатної передачі, яка підлягає оподаткуванню ПДВ у загальному порядку.
У такій ситуації ви повинні:

визначити базу оподаткування відповідно до п. 188.1 ПКУ;
скласти дві податкові накладні:першу — на фактичну ціну постачання;
другу — на суму перевищення мінімально допустимої бази (ціни придбання або балансової вартості) над фактичною ціною передачі. Навіть якщо такі товари раніше були придбані у неплатників ПДВ.

Тобто, перша податкова накладна у вас буде фактично нульова. Там буде зазначений тільки переділ ТМЦ з кількістю і ціною 0 грн, виписана на вашого покупця.

В другій податковій накладній з типом причини 15 ви вказуєте свої дані (ІПН, назву, код ЄДРПОУ) і в реквізитах покупця, і в реквізитах продавця
Тип причини невидачі покупцю - 15, код зведеної - 3.
В графі 2 номенклатури заповнюєте назву ТМЦ та в дужках додаєте напис" перевищення бази оподаткування, визначеної відповідно до ст.ст. 188 і 189 ПКУ, над фактичною ціною постачання", заповнюєте кількість в гр.7, а в графі ціна (гр.8) - вартість придбання, що обліковується у вас за даними бухобліку.

Детально також можна почитати в матеріалах.
https://zt.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/878597.html