Відповідно до п. 292.4 ст. 292 Податкового кодексу України від 02 грудня 2010 року № 2755-VI зі змінами та доповненнями у разі надання послуг, виконання робіт за договорами доручення, комісії, транспортного експедирування або за агентськими договорами доходом є сума отриманої винагороди повіреного (агента). https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=28122

За посередницькі послуги експедитор отримує винагороду від клієнта, яка і є його доходом.
При цьому, кошти, які одержуються фізичною особою – підприємцем від клієнта для виконання або організації виконання визначених договором послуг, вважаються транзитними і право власності на такі кошти до фізичної особи – підприємця не переходить.
Враховуючи вищевикладене, транзитні кошти, які одержуються фізичною особою – підприємцем від клієнта для виконання або організації виконання визначених договором транспортного експедирування послуг, не включаються до обсягу доходу. https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=27518

Якщо Замовник перераховує на рахунок ФОП 10 000 грн за перевезення, з яких 8 000 грн ФОП перераховує перевізнику, а 2 000 грн залишає собі як винагороду, то оподатковуваним доходом ФОПа є лише 2 000 грн.

Для правильного оподаткування вам потрібно чітко розмежовувати транзитні кошти (які не є вашим доходом) і вашу фактичну винагороду (яка є доходом). КВЕД 52.29 сам по собі не вказує на посередницький характер діяльності, тому важливо мати правильно оформлені первинні документи, які підтверджують, що ви діяли як посередник (агент/експедитор), а не як прямий виконавець послуги перевезення.
Всі документи (договори, рахунки, акти, банківські виписки) мають відображати цю схему.