Прямої відповіді цей порядок не містить.
Можемо припустити, що таким значним критерієм може бути більше, ніж 35% від загального обсягу операції.
В самому порядку в розділі IV. Процес здійснення автоматизованого аналізу та визначення суттєвості ризиків в пункті 4.1 зазначено:
Суттєвість ризиків встановлених за результатами автоматизованого аналізу відображається у відсотковому (%) розмірі та розраховується середньостатистичним методом від загальної кількості алгоритмів:
- Зелений (незначний) - питома вага відхилень до 10%
- Помаранчевий (помірний) - питома вага відхилень до 35%
- Червоний (суттєвий) - питома вага відхилень від 35%

І хоча цей % прямо не вказує на якийсь конкретний пункт (в тому числі пункт 46), можемо припустити, що зі схожим відсотком податківці можуть визначати суттєвість кожного конкретного пункту.

Для уточнення інформації можете звернутися безпосередньо до контролюючого органу з запитом на надання публічної інформації в розрізі таких критеріїв саме по вашому суб'єкту господарювання.