Проблеми з відшкодуванням ПДВ через недостовірні дані в 1С

Підстав для відмови в наданні таких відомостей немає.

В разі заявленням платником податку сум ПДВ для бюджетного відшкодування, податкова на підставі ст.78.1.8 провести податкову позапланову перевірку. https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n1788
Документальна позапланова перевірка з підстав, визначених у цьому підпункті, проводиться виключно щодо законності декларування заявленого до відшкодування з бюджету податку на додану вартість.
В ЗІР в категорії 101.26 наведено алгоритм та строки такого відшкодування https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=41810

Ст.44.1 ПКУ вказує, що для цілей оподаткування платники податків зобов'язані вести облік доходів, витрат та інших показників, пов'язаних з визначенням об'єктів оподаткування та/або податкових зобов'язань, на підставі первинних документів, регістрів бухгалтерського обліку, фінансової звітності, інших документів, інформації, пов'язаних з обчисленням і сплатою податків і зборів, ведення яких передбачено законодавством.
При цьому в разі проведення перевірки, керуючись ст.85.2 ПКУ платник податків зобов'язаний надати посадовим (службовим) особам контролюючих органів у повному обсязі всі документи, що належать або пов'язані з предметом перевірки. Такий обов'язок виникає у платника податків після початку перевірки.

Той факт, що дані по отриманих податкових накладних від постачальників не вносилися в 1С чи іншу облікову програму не звільняє вас від необхідності подання таких документів відповідно до законодавства.
Тому в вашому випадку такий запит з боку ДПС цілком правомірний, адже саме за даними рахунків 6412 та 6442 можна порівняти показники, зазначені вами в звітності з ПДВ з даними бухобліку і визначити, чи мали ви право на включення сум, що заявлені до бюджетного відшкодування, до свого податкового кредиту.

Такі оборотно-сальдові відомості повинні бути завірені підписами відповідальних осіб. Яким чином вони будуть складені - за допомогою програми обліку чи в іншому форматі (в Word, Excel тощо) з подальшим друкуванням - це на ваш вибір як платника податків.
Але такі відомості та регістри повинні містити необхідні дані і відповідати принципам бухобліку в цілому (безперервність, подвійний запис, достовірність та інше), містити відомості про початкове та кінцеве сальдо, обороти за період в розрізі контрагентів. Дані повинні бути достатні, щоб визначити, що саме по цим контрагентам у вказаному періоді у вас виникло право на податковий кредит (за даними рах.6442), та що саме задекларовані суми ваших податкових зобов'язань та податкового кредиту в обліку по рах.6412 співпадають з даними декларації.

В разі ненадання таких документів або непідтвердження факту правомірності включення таких сум в податковий кредит в ході перевірки податкова має право відмовити вам в такому бюджетному відшкодуванні.