Так, можна
Передача пального саме підрозділам ЗСУ та іншим військовим формуванням на період діє воєнного стану не вважається операцією з реалізації підакцизних товарів. Також вказана операція не є базоб для нарахування ПДВ.
Це визначно окремою нормою п. 69.5 підрозділу 10 розділу XX «Перехідні положення» ПКУ. https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n8462
Також таку думку підтверджують і податківці в своїх роз'ясненнях. https://tax.gov.ua/media-tsentr/novini/576602.html
та в ЗІР категорія 114.02 https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=38469.

Тому в даному випадку ви маєете право передати пальне для потреб збройних формувань без отримання окремої ліцензії на зберігання чи право роздрібної чи оптової торгівлі пальним.

Щодо документального оформлення. Вам потрібно отримати від військової частини лист-прохання (запит) на надання такої благодійної допомоги, на підставі якого керівник потім видає наказ про надання такої допомоги ц вигляді пального.
Цей лист може бути складений військової частиною в довільній формі, або можете скористатися нашими зразками
Лист-прохання від військової частини щодо надання благодійної допомоги
Наказ про надання благодійної допомоги ЗСУ
Після такої передачі складається акт-прийому передачі, який підписується обома сторонами.
https://api.7eminar.ua/documents/download/8679

Саме на підставі цих документів ви можете провести в бухобліку списання такої переданої благодійної допомоги (пального) на витрати.
Дт 949 - Кт 203