Пропущений термін подачі зміни статуту: що робити далі

Так, подати потрібно.

Відповідно до п.6 Порядоку ведення Реєстру неприбуткових установ та організацій, включення неприбуткових підприємств, установ та організацій до Реєстру та виключення з Реєстру затверджено постановою Кабінету Міністрів України від 13.07.2016 № https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/440-2016-%D0%BF#n14 така заява 1-РН повинна полаватися протягом 10 календарних днів з дня державної реєстрації таких змін.
Про це зазначає ДПС в своєму роз'ясненні. https://zt.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/844372.html

Щодо штрафних санкцій, то неподання або несвоєчасне подання заяв або документів для взяття на облік у відповідному контролюючому органі, реєстрації змін місцезнаходження чи внесення інших змін до своїх облікових даних тягнуть накладення штрафних санкцій у розмірі 1020 грн за перше порушення. Якщо порушення не усунуто або повторюється протягом року то штраф зростає до 2040 грн. Це передбачено ст.117.1 ПКУ. https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n2375