Коригування податкової накладної при переплаті від покупця: алгоритм дій

Нова ПН на залишок доплати буде складена на дату отримання передплати, якщо це перша подія. РК на зміну номенклатури - на момент відвантаження.
Ви вірно склали першу ПН на дату отримання авансу від вашого покупця. Адже відповідно до ст.187. ПКУ датою виникнення податкового зобов’язання з постачання товарів / послуг в вашому випадку є саме дата одержання авансу.
Якщо в подальшому покупець відмовився від отримання товару, написав лист про зарахування передплати в рахунок поставки іншого товару, то сам факт отримання листа ще не спричиняє першої події ні для нової ПН, ні для складання РК.
У випадку, якщо до цього не було відвантаження та повернення товару по першому рахунку, то такий лист поки що це лише узгодження (наміри) обох сторін щодо зміни номенклатури.

Далі потрібно визначити "наступну" першу подію.

Якщо в подальшому спочатку відбулася поставка товару, а потім вже доплата по другому рахунку, то на дату поставки складається РК з типом причини 104 на зміну номенклатури. Як ви вірно зазначили, він буде нульовий, в ньому просто позиції з першої ПН будуть "замінені" на позиції вже з новою номенклатурою.
А також складається нова ПН на різницю між сумою отриманої раніше передплати та сумою відвантаження. Адже саме відвантаження в такому випадку буде першою подією для другої ПН.

Якщо ж спочатку відбулася доплата, то саме дата отримання другої частини авансу буде в даному випадку першою подією і на цю дату ви складаєте нову ПН на суму отриманого авансу. А потім вже на дату відвантаження складаєте нульовий РК з типом причини 104 "Зміна номенклатури", де зазначаєте відповідно зі знаком мінус рядки з першої ПН і додаєте зі знаком плюс позиції нової номенклатури, яку відвантажили.

Зверніть увагу, що зазвичай в таких РК з типом причини 104 при додаванні нових позицій з іншою ціною може виникнути ситуація, що в графі кількість буде не ціле число в штуках.Це нормальна ситуація, адже інша "частина" номенклатури буде зазначена вже в новій ПН.
Важливо, щоб загальна кількість та сума з РК та ПН в цілому відповідали первинним документам, якщо їх скласти докупи. При цьому пропорційно дробити всі позиції номенклатури чи тільки окремі для складання РК ви можете на власний розсуд.

З роз'ясненнями податківців на схожі ситуації можете ознайомитися в категорії 101.15 ЗІР
https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=38041
https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=40076