Не має значення, що сплати здійснив керівник особисто — якщо ці кошти були сплачені «за підприємство» (тобто в інтересах підприємства), і ці платежі стосувалися податків підприємства, їх можна вважати коштами підприємства. Якщо переплата виникла, підприємство має право вимагати повернення.
Слід враховувати обставини, викладені в статті https://7eminar.ua/news/7116-zabuli-podati-zayavu-na-povernennya-pereplati-cerez-3-roki-grosi -тобто, чи не минуло 1095 днів з переплати. Якщо строк сплив (понад 1095 днів), ця можливість втрачається — переплата більше не підлягає поверненню за загальним правилом.

Щодо ЄСВ: Повернути або перекинути помилково/зайво сплачені кошти єдиного внеску на загальнообов'язкове державне соціальне страхування можна за заявою платника, проте тільки в межах рахунків ЕСВ.

Якщо переплата виникла пізніше, її повернення не означає, що ці кошти автоматично повернуться директору — підприємство отримає повернення, а вже повернення директору має бути оформлено як повернення підзвітній особі за документами. Повинні бути наявні документи: виписка з банку, де видно, що платником є фізособа, але призначення платежу чітко вказує податок за підприємство (із зазначенням ЄДРПОУ). Навіть якщо цього не зробили одразу у 2023 році, податкове законодавство не містить чітких строків для повернення підзвітній особі, якщо це не має наслідків для оподаткування (а тут таких наслідків немає — сплата податку відбулася).
З практики: можна оформити звіт підзвітної особи постфактум, додати копії платіжок та наказ керівника (якщо потрібно) — і на підставі цього повернути кошти директору.

Раді допомогти, звертайтесь ще!