Заголовок тимчасово відсутній

Так, потрібно подавати окремий звіт за підрозділ.

Якщо працівники постійно працюють на території іншої територіальної одиниці за КАТОТТГ, ніж місце реєстрації основного підприємства, платник податків має стати на облік за неосновним місцем реєстрації (подати 17-ОПП) і ПДФО за таких працівників сплачувати до бюджету відповідної територіально громади (пп. 168.4.3 ПКУ). У Вашому випадку на миколаївські рахунки для сплати зарплатного ПДФО.
Також будуть особливості подання об’єднаної звітності: у Вас має бути два "Звітні" податкові розрахунки за кожен звітний період.
Згідно з розділом ІІ Порядку № 4 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0111-15#n169) обидва податкові розрахунки подаються у основну податкову з такими особливостями:
1) за основне підприємство (номер податкового розрахунку - 1): Д1, Д5, Д6 (за наявності даних) та податковий розрахунок (титулка) подається на всіх працівників, у т.ч. тих, що працюють в іншій області; у Д4 наводяться дані про доходи фізичних осіб без даних про зарплату, ПДФО та ВЗ тих працівників, що працюють в іншій області;
2) за підрозділ (номер податкового розрахунку - 2): Д1, Д5, Д6 не заповнюються взагалі; у Д4 наводяться дані про зарплату, ПДФО та ВЗ тих працівників, що працюють в іншій області; у податковому розрахунку в р. 032 (і в р. 032 в Д4) код КАТОТТГ місця розташування підрозділу; у р. 033 назва підрозділу (яку було вказано у 17-ОПП) та адреса його місцезнаходження; рядки 07-110 не заповнюються; також не заповнюється таблична частина щодо нарахування ЄСВ.
Важливо спочатку подавати звіт за основне підприємство і тільки після його прийняття - за підрозділ.

Раді допомогти, звертайтесь ще!