Я б хотіла трохи скоригувати вашу ідею про ПДВ "на нуль". Точніше — не повністю погодитися.
Справді, Податковий кодекс України (пп. 197.1.2 ПКУ) передбачає звільнення від ПДВ для послуг освіти — але тільки у випадках, коли їх надають навчальні заклади з відповідною ліцензією на освітню діяльність. У вашому випадку ситуація інша: безоплатні послуги надаються фізичним особам (військовим), і підприємство є резидентом Дія.City, а не закладом освіти. Тому звільнення від ПДВ не застосовується.

Оскільки послуги надаються з ПДВ і є самостійно виготовленими послугами, згідно з п. 188.1 ПКУ, мінімальною базою оподаткування є звичайна ціна — тобто та, що діє для інших клієнтів.

Що потрібно зробити:

Скласти дві податкові накладні:

першу — на нульову суму (на неплатника ПДВ — фізособу),
другу — на себе (тобто умовне постачання), на суму звичайної вартості послуг, за кодом причини невидачі 15.
Щодо можливості застосування п. 32¹ підрозділу 2 розділу ХХ ПКУ — тут він не працює. Цей пункт стосується саме безоплатного постачання на користь організацій ЗСУ, а у вас договір безпосередньо із фізичними особами — військовими.

Компенсуючих податкових накладних за ст. 198.5 ПКУ складати не потрібно, тому що послуги все одно пов'язані з господарською діяльністю (підвищення іміджу компанії, соціальні ініціативи і т.д.), просто реалізація відбувається безоплатно. Тобто, тут іде мова про безоплатне постачання, а не про використання витрат в негосподарській діляьності. Взагалі, використовується або одне, або друге, - ніколи ці дві опціїї не використовується одночасно. Але в даному випадку це - чисте постачання звичайних послуг вашого підприємства, тільки із 100% знижкою, і тут немає негосподарської діяльності.

Як це зробити в обліку в БАС:

Створюєте податкову накладну на безоплатне постачання на неплатника ;
Створюєте зведену податкову накладну на мінімальну базу (звичайну ціну), з кодом невидачі 15; сторити її можна напряму документом "Податкова накладна". Там буде зазначення рахунку витрат- зазначаєте ДТ949.
Для обліку витрат за ПДВ використовуєте проводки:
Дт 949 Кт 6432 (відображення витрат на ПДВ),
Дт 6432 Кт 6412 (нарахування зобов'язання з ПДВ).
Щодо витрат на організацію курсів:

Немає необхідності окремо розраховувати витрати на кожного слухача.
Усі витрати логічно включати у загальні витрати виробництва (Дт 23).
Якщо дуже захочеться деталізувати — можна окремо виділити витрати на слухачів військовослужбовців на Дт 949 (інші операційні витрати), але це не обов’язково і на податковий облік не вплине. І до того ж, такі витрати логічно віднести до собівартості вироблених послуг, адже вони непрямим шляхом також приймають участь у господраському процесі - підвищують імідж компаніїї, тому справедливо буде іх просто розподілити на собвартсіть реалізації. Щоб не ускладнювати облік - варто віднести всі витрати на курси разом на один рахунок, зазвичай на Дт23, а потім ДТ903Кт23.

Щодо податку на доходи фізосіб та звітності.

Відповідно до п. 170.7.8 ПКУ, не підлягають оподаткуванню товари та послуги, надані, зокрема, військовослужбовцям, які зазначені у п. 165.1.54 ПКУ, пункт в) за Переліком, затвердженим постановою КМУ № 112 від 16.02.2016 року (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/112-2016-%D0%BF#n8).

У цьому Переліку прямо вказані послуги освіти та науки, тобто все гаразд: послуги, які ви надаєте військовим безоплатно, не підлягають оподаткуванню ПДФО та військовим збором.

Що потрібно зробити технічно:

Подати форму 4ДФ,
Указати вартість наданих послуг (звичайну вартість, а не нульову) у колонках 3а та 3 без податків,
Використати ознаку доходу 205 — це одна з нових ознак доходів, що застосовується з 2024 року саме для осіб, зазначених у п. 165.1.54 ПКУ (пункт в)).

Раді допомогти, звертайтесь ще!