Виправлення помилок у бухгалтерському обліку 6412 на 13000 грн

Так, сума залишку на рахунку 6412 повинна співпадати з деклараціями по ПДВ

По-правильному, потрібно перевірити дані декларацій з ПДВ по нарахованих зобов'язаннях та податковому кредиту. Можливо, були задвоєння чи невірно внесені суми. Також можливі нарахування штрафних санкцій за несвоєчасну подачу звітності, які не відображені в обліку.

Але якщо таку перевірку не вдається провести чи взагалі відсутня частина даних, які неможливо відновити, то в такому випадку варіантом приведення у відповідність даних в обліку з даними, що у звітності, є використання положень п.4 ПСБО 6 і виправлення помилки минулих періодів через коригування суми нерозподіленого прибутку/непокритого збитку.(через рах.44).
https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0392-99#o38

Для цього вам потрібно скласти бух.довідку із описом ситуації, вказанням суми розбіжності та рахунків обліку, які вона зачепила.
Також варто зробити витяг про стан розрахунків з бюджетом чи скрін з електронного кабінету з СЕА ПДВ для підтвердження даних і відповідно провести коригування станом на початок року.

Якщо реальну причину такого неспівпадіння як мінімум за останні 3-4 роки, які можуть ще потрапляти під перевірки, знайти не вдається, то описаний вище спосіб коригування буде, мабуть, єдиним варіантом

Раді допомогти, звертайтесь ще!