1. На кожен факт експорту, що підтверджений митною декларацією, ви складаєте податкову накладну за нульовою ставкою з типом 07 - експорт за ставкою 0% на підставі ст.195.1.1 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4640
2. Ні, коригувати податкові зобов'язання не потрібно. Адже митна декларація не змінюється. Відправлення нового товару буде оформлюватися як нова окрема експортна операція з новою податковою накладною.
Сама кредит-нота є документом, що регулює розрахунки між контрагентами, але вона не змінює факту, що товар фізично перетнув митний кордон України і був оформлений у режимі експорту, анулювання такої МД не було, аркуш коригування теж не оформлювався, тому і підстав для коригування теж немає.
3. Така кредит-нота і її визнання є підставою для коригування даних в бухобліку та взаєморозрахунків з нерезидентом.
Проводки матимуть такий вигляд.
Дт 362 - Кт 702 - відвантаження першої партії
Дт 902 - Кт 281 - списання собівартості реалізованих товарів

Далі на дату кредит ноти ви робите коригування. Оскільки дохід від цієї операції було анульовано, собівартість стає прямим збитком.
Дт 704 - Кт -362 - коригування розрахунків з постачальниками (віртуальне повернення і вирахування з доходу)
Дт 947 (або 949) - Кт 902 - перенесення собівартості на збитки від псування.

Нове відвантаження вже оформлюється як новий документ реалізації.

Раді допомогти, звертайтесь ще!