Що робити із заборгованістю на рахунку 6442 через три роки

Потрібно уточнити у постачальника, чи подавав він документи на розблокування чи в суд.
В вашому випадку, термін 365 днів з дати складання - це строк, протягом якого ви можете включити таку ПН в податковий кредит в разі, якщо така ПН була подана на реєстрацію своєчасно.

Але для заблокованих ПН такий строк припиняється на весь період блокування. Згідно з п. 198.6 Податкового кодексу України https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931, строк для включення сум ПДВ до податкового кредиту (365 днів) переривається на період блокування або адміністративного чи судового оскарження.
Категорія ЗІР 101.13 https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=39578

Тому в першу чергу варто отримати інформацію від вашого постачальника, чи подавав він документи на розблокування, чи немає наразі судового оскарження по цій заблокованій ПН.
Якщо "так", то тоді ви повинні чекати рішення суду по такій ПН. Якщо її зареєструють (а реєстрація за рішенням суду буде датою подачі на реєстрацію, тобто 2022 роком чи коли саме постачальник подав на реєстрацію), то тоді ви зможете подати уточнюючий розрахунок з ПДВ за період, що не перевищує 365 днів з дати складання і скористатися своїм правом на ПК.
Якщо ж суд відмовить в розблокуванні, то тоді на дату набрання чинності рішенням суду ви зможете списати такий ПДВ на витрати на рах.949.

Якщо ж постачальник так нічого і не подавав, то фактично списати на витрати таку суму ПДВ ви могли після спливу терміну 365 днів з дати складання. Тобто, ще наприкінці 2023 року. Бо тоді вже діяло право на ПК саме 365 днів, а не 3 роки (1095 днів).
Тому в цьому випадку вам або потрібно буде визнавати витрати в 2023 році, подавати уточнюючу звітність з податку на прибуток та фінансову звітність на той період. Або уточнювати шляхом подання додатку ВП разом з декларацією за 2025 рік і уточнювати 2023 рік в зв'язку з такими витратами.

Ще одним варіантом може бути застосування положень щодо виправлення помилок з урахуванням положень П(С)БО 6 «Виправлення помилок і зміни у фінансових звітах».

https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0392-99#o15

Згідно з п. 4 НП(С)БО 6, виправлення помилок, допущених при складанні фінансових звітів у попередніх роках, здійснюється шляхом коригування сальдо нерозподіленого прибутку на початок звітного року.
Тобто, шлях кореспонденції Дт 44 "Нерозподілений прибуток" - Кт 642 "Податковий кредит" на суму втраченого ПДВ кредиту.
Для цього складаєте бухгалтерську довідку з описом помилки та вказанням проводок по рахунках, які зачепила така помилка.
При подачі фінансової звітності вже за 2025 рік в балансі станом на 01.01.2025 ви вказуєте вже виправлені дані по рах.44, тобто зменшену суму чистого прибутку.

Отже, в вашому варіанті з'ясуйте інформацію у постачальника і на підставі неї вже визначте, чи потрібно коригувати попередні періоди, чи чекати розблокування.

Раді допомогти, звертайтесь ще!