Якщо така кредит-нота є знижкою на товар, то враховується курс, який був при його оприбуткуванні.

Для обліку та оподаткування є важливим, що ж передбачається таким документом як кредит-нота за умовами договору (прощення боргу, знижка на товар тощо).
В вашому випадку, якщо така кредит-нота передбачає саме знижку на товар, то потрібно враховувати курс, який діяв на дату оприбуткування такого товару, коли формувалася первісна його собівартість відповідно до П(С)БО 9 "Запаси"

Кредит-нота, як правило, є своєрідним документом-повідомленням від продавця про зменшення заборгованості покупця, наприклад, через надання вказаної знижки.
Для відображення в бухобліку на підставі такого повідомлення оформлюють бухгалтерську довідку або акт про узгодження нової ціни, чи інший документ, що передбачений умовами договору.

Бухгалтерські проведення будуть залежати від того, чи проданий вже товар, на який надана знижка, чи ні.

Якщо на момент отримання кредит-ноти товари ще обліковуються на балансі, на суму знижки зменшують їх первісну вартість. Коригування здійснюється методом «червоне сторно»: Дт 281 «Товари на складі» — Кт 632 «Розрахунки з іноземними постачальниками» по тих позиціях товару, на які надано знижку.

Якщо товар реалізовано в тому ж звітному періоді, коли й отримано знижку, тобто декларація з податку на прибуток не подаавлась, то на суму знижки сторнують собівартість його реалізації: Дт 902 «Собівартість реалізованих товарів» — Кт 632 "Розрахунки з іноземними постачальниками"

Якщо товар реалізовано в минулому звітному періоді і ця собівартість вже була враховаана у витратах, а знижку отримано в поточному, сума знижки визнається іншим операційним доходом: Дт 632 "Розрахунки з іноземними постачальниками" — Кт 719 «Інші доходи від операційної діяльності».

В подальшому у вас просто виникне передплата постачальнику, яка буде використана при майбутніх поставках.

Щодо ПДВ. Якщо при отриманні кредит-ноти митна вартість ввезених товарів не змінюється (не було зміни в митну декларацію за акрушем коригування), то ніяких наслідків з ПДВ не виникає. Коригувати декларацію з ПДВ чи суму податкового кредиту не потрібно.