СГ не може скористатись надміру сплаченими коштами за ліцензію при внесенні наступного чергового платежу за надану ліцензію. ДПС відповіла на це питання в ЗІР (113.04) https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=43345 таким чином: Ні, не може.

Водночас, такі суми можуть бути повернуті платнику на підставі поданої заяви. https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42836

Згідно з ч. 6 ст. 52 Закону №3817 перший платіж за ліцензію на право роздрібної торгівлі алкогольними напоями, тютюновими виробами, рідинами, що використовуються в електронних сигаретах, здійснюється до отримання ліцензії на право провадження відповідного виду господарської діяльності у розмірі, визначеному цим Законом.
Таким чином, перший платіж в розглядуваній ситуації потрібно було здійснити перед отриманням ліцензії.
Якщо буквально розуміти наведені вище норми і консультацію ДПС, то різниця не зараховується в рахунок сплати за наступні ліцензійні платежі.

Після отримання ліцензії СГ мав сплатити до 01.07.2025 р. окремим платежем Далі він має сплатити до 01.10.2025 р. окремим платежем знову . А переплату,яка утворилася можна повернути на рахунок.
Але зазначені норми можна розуміти і менш суворо.

Для уникнення непорозумінь з податковими органами може бути доречним отримати з цього питання індивідуальну податкову консультацію.
Несплата чергового платежу за ліцензію є підставою для припинення її дії (п. 7 ч. 2 ст. 46 Закону №3817). Орган ліцензування автоматично формує та надсилає суб'єкту господарювання повідомлення про необхідність внесення платежу за 90, 75, 60, 45, 30 та 15 днів до настання терміну сплати. Також надсилається повідомлення про дату, з якої буде припинена дія ліцензії у разі невнесення чергового платежу – це відбувається за дев'ять днів до настання терміну сплати (ч. 3 ст. 54 Закону №3817). Датою припинення дії ліцензії є день набрання чинності рішенням про припинення її дії (ч. 10 ст. 46 Закону №3817).

Раді допомогти, звертайтесь ще!