Заголовок тимчасово відсутній

У Вас дійсно це різні ситуації - в одному випадку - ПН з ПДВ (тому штрафи від суми ПДВ), а в іншому випадку - ПН без ПДВ (тому штраф від бази без ПДВ).

Це прямо передбачено нормою ПКУ - п. 120-1.1 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n10585):

"120-1.1. ... У разі порушення платниками податку на додану вартість граничного строку, передбаченого статтею 201 цього Кодексу, для реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування до такої податкової накладної в Єдиному реєстрі податкових накладних тягне за собою накладення на платника податку на додану вартість, на якого відповідно до вимог статей 192 і 201 цього Кодексу покладено обов’язок щодо такої реєстрації, штрафу в розмірі 2 відсотків обсягу постачання (без податку на додану вартість), але не більше 1020 гривень, при реєстрації в Єдиному реєстрі податкових накладних:

податкової накладної/розрахунку коригування, складеної на операції з постачання товарів/послуг, що звільняються від оподаткування податком на додану вартість;

податкової накладної/розрахунку коригування, складеної на операції, що оподатковуються за нульовою ставкою;

податкової накладної, складеної відповідно до пункту 198.5 статті 198 цього Кодексу у разі здійснення операцій, визначених підпунктами "а" - "г" пункту 198.5 статті 198 цього Кодексу, та розрахунку коригування, складеного до такої податкової накладної;

податкової накладної, складеної відповідно до статті 199 цього Кодексу, та розрахунку коригування, складеного до такої податкової накладної;

податкової накладної, складеної відповідно до абзацу одинадцятого пункту 201.4 статті 201 цього Кодексу, та розрахунку коригування, складеного до такої податкової накладної...."

Раді допомогти, звертайтесь ще!