Ні, повторно ліміт поповнювати не треба.
Як ви вірно зазначили, при отриманні послуг від нерезидента місце постачання визначається за правилами ст.186 ПКУ. Для консультаційних послуг по пп."в" п. 186.3 ПКУ таке місце - за місцем реєстрації замовника, тобто територія України. Тому ставка ПДВ - 20%.
https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4496

Тому ви як отримувач послуги повинні скласти та зареєструвати в ЄРПН податкову накладну з типом причини 14.
Водночас особливістю такої ПН є те, що вона одночасно для вас є і податковими зобов'язаннями, і податковим кредитом. Тому при поповненні рахунку в СЕА ПДВ і збільшенні ліміту ви відправляєте таку ПН на реєстрацію. В момент реєстрації у вас зменшується і потім відразу збільшується реєстраційний ліміт. Тобто, фактично він нікуди не зникає, просто в реєстрі операцій в СЕА ПДВ ви побачите 2 рядки : суму з мінусом ліміту і наступний рядок через пару секунд - збільшення на цю ж суму.

Тому другий раз, коли ви вже будете реєструвати компенсуючу ПН, поповнювати ліміт не потрібно.
Також варто переглянути ваш договір про цільове фінансування. Якщо таке фінансування чи проект є в рамках міжнародної технічної допомоги (МТД), і роботи/послуги, які ви по ньому надаєте, потрапляють під п.197.11 ПКУ, то такі постачання товарів, робіт, послуг не потребують складання компенсуючих ПН.
Про це прямо зазначено в пп."б" п.198.5 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931

Про особливості такого фінансування за МТД ви можете побачити або в договорі, або уточнити у донора, який фінансує такий проект.

Раді допомогти, звертайтесь ще!