Вам варто провести звірку з контрагентом по сплатах та відвантаженнях.
На жаль, достеменно підказати, як веде облік ваш контрагент ми не можемо.
Тому вам варто переглянути і порівняти суми в інвойсах, які вам надсилав контрагент для проведення оплати з тими, які отримані разом з імпортованою партією товару.
Може скластися ситуація, що для передплати вам давали так званий інвойс-проформу, аналог нашого рахунку на передплату. Ви вірно надавали його в банк для проведення передплати.

Потім при відвантаженні змінилась кількість чи ціна поставленого товару, були включені супутні послуги чи відшкодування відповідно до умов договору, тому в інвойсі фінальному сума відрізняється. Але при оприбуткуванні товару ви орієнтуєтесь саме на інвойс, який отриманий разом з поставленою партією товару і оприбуткування по кількості та ціні робите на його підставі. Адже це аналог нашої видаткової накладної, товар по якій ви фактично отримали.

В разі зміни номенклатури, вартості товару чи заміну на аналогічний, якщо це передбачено умовами договору, такі інвойси можуть відрізнятися. І в такому випадку може бути як переплата, так заборгованість перед вашим постачальником.
Радимо отримати він нього акти звірки, перевірити інвойси, які отримані з поставкою товару з тими, що вказана в акті. Іншого "секрету", на жаль немає, адже за логікою, ваш контрагент теж повинен вести в себе облік передплати та відвантаженого товару. Розбіжності можуть бути тільки в датах, адже, наприклад, у вас оплата пройшла 1 числа, а постачальник отримав її 3 числа. Аналогічно і по відвантаженнях. Товар міг бути відправлений в постачальника, наприклад, 5 числа, а ви отримали 8 числа. Але суми повинні співпадати в будь-якому випадку.

Причину такого "розбиття" на різні інвойси також варто узгодити з постачальником. Можливо, відвантаження було з різних складів і тому внесено в нього різними інвойсами. Орієнтуватися потрібно також на загальну суму відвантажень та проведених оплат за певний період (місяць, рік тощо)