При придбанні землі у фізособи податки Ви мали б утримувати з суми ціни договору, тобто фізособа мала б отримати на руки суму, вказану в договорі, а вирахуванням утриманих Вами ПДФО та ВЗ.

Це вказано в ст. 172 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17/ed20260101#n4160)6

"172.4. Під час проведення операцій з продажу (обміну) об’єктів нерухомості, неподільного об’єкта незавершеного будівництва/майбутнього об’єкта нерухомості між фізичними особами нотаріус посвідчує відповідний договір за наявності електронної довідки про оціночну вартість такого об’єкта нерухомості, неподільного об’єкта незавершеного будівництва/майбутнього об’єкта нерухомості або звіту про оцінку, зареєстрованого відповідно до пункту 172.3 цієї статті, та документа про сплату податку до бюджету стороною (сторонами) договору і вносить до Єдиної бази інформацію про ціну договору купівлі-продажу.

Державний нотаріус (державна нотаріальна контора) щомісяця, а приватний нотаріус щокварталу в порядку, встановленому цим розділом для податкового розрахунку, подають до контролюючого органу за місцем розташування державної нотаріальної контори або робочого місця приватного нотаріуса інформацію за формою такого податкового розрахунку, в якій зазначають відповідно відомості про посвідчені державними нотаріусами протягом звітного місяця, а приватними нотаріусами протягом звітного кварталу (з розбивкою по місяцях звітного кварталу) договори купівлі-продажу (міни) між фізичними особами, включаючи інформацію, передбачену податковим розрахунком, подання якого передбачено підпунктом "б" пункту 176.2 статті 176 цього Кодексу, у тому числі ціну (вартість) договорів та суму сплаченого податку у розрізі кожного договору.

...172.7. Одночасно з дією пункту 172.4 цієї статті, якщо стороною договору купівлі-продажу, міни чи іншого відсудження об’єкта нерухомого майна, неподільного об’єкта незавершеного будівництва/майбутнього об’єкта нерухомості, подільного об’єкта незавершеного будівництва та від відступлення прав за договором купівлі-продажу неподільного об’єкта незавершеного будівництва/майбутнього об’єкта нерухомості, щодо якого сплачено частково ціну та зареєстровано обтяження речових прав на користь покупця, є юридична особа чи самозайнята особа, така особа є податковим агентом платника податку щодо нарахування, утримання та сплати (перерахування) до бюджету податку з доходів, отриманих платником податку від такого продажу (обміну)."

Тому в бухобіліку мало б бути так:

Дт 101 Кт 631 - придбана земельна ділянка за ціною договору

Дт 631 Кт 641 - утримманий ПДФО

Дт 631 Кт 642 - утриманий військовий збір

Дт 631 Кт 311 - виплачена сума на руки за випахуванням податків, зборів

Дт 641,642 Кт 311 - перераховані в бюджет ПДФО та ВЗ

Раді допомогти, звертайтесь ще!