Розрахунок відпускних та зарплати: питання надмірних днів відпустки

Вам не потрібно визначати нову середню зарплату.Середня зарплата була визначена при наданні відпустки працівнику. Тому і відраховують суму відпускних за дні відпустки, наданої в рахунок невідпрацьованої частини робочого року, за тією ж самою «середньою», за якою були нараховані відпускні.
Додаток 1. Сторновані відпускні відображаємо в розрахунку за той звітний період (місяць), коли вони були проведені. При чому Порядком заповнення та подання податковими агентами Податкового розрахунку сум доходу, нарахованого (сплаченого) на користь платників податків - фізичних осіб, і сум утриманого з них податку, а також сум нарахованого єдиного внеску, затвердженого наказом Мінфіну України від 13.01.2015 №4 допускається відображення від’ємних значень сторнованих сум відпускних.
Сторновані суми відпускних відображаємо в окремому рядку від заробітної плати, зазначаючи, зокрема:
у графі 09 – код типу нарахувань «10»;
у графі 10 – місяць і рік, за які раніше були нараховані відпускні;
у графах 16 і 17 – суму сторнованих відпускних зі знаком «мінус»;
у графі 20 – ЄСВ зі знаком «мінус», що була нарахована на суму сторнованих відпускних.
Додаток 4ДФ. Відсторновану суму відпускних зазначаємо в додатку 4ДФ в загальній сумі зарплати з ознакою доходу «101».
Детальніше із зразками звітності тут
https://7eminar.ua/news/7143-vidraxuvannya-vidpusknix-pri-zvilnenni-pracivnika-yak-viznaciti-sumu-ta-vidobraziti

Щодо утримання ПДФО та ВЗ, то вірно - визначаєте загальну суму з урахуванням відсторнованих відпускних та утримуєте з неї ПДФО та ВЗ.

Для критичності сторновані відпускні будуть відображені в додатку 1, перенесені в рядок 1.1 податкового розрахунку і відповідно впливатимуть на середню ЗП для критичності. Тобто зменшать середню ЗП для критичності. Але можна не проводити сторнування перевикористаної відпустки. Якщо ви не бюджетна установа, то можна залишити як є і штрафів за порушення трудового законодавства не повинно бути. Адже права працівників не порушено. Навпаки, він отрмав більшу суму ЗП. Не підлягає поверненню безпідставно набуті:
1) заробітна плата і платежі, що прирівнюються до неї, <…> надані фізичній особі як засіб до існування, якщо їх виплата проведена фізичною або юридичною особою добровільно, за відсутності рахункової помилки з її боку і недобросовісності з боку набувача. (Ст. 1215 ЦКУ).

Раді допомогти, звертайтесь ще!