На думку ДПС, компенсація комунальних витрат, навіть якщо ФОП (Платник єдиного податку) виставляє рахунки, не є підприємницьким доходом, а отже, підлягає оподаткуванню як дохід фізособи.

ЗІР, категорія 107.01.03 - https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42444

Якщо орендар сплачує ФОПу компенсацію за комунальні послуги окремо від орендної плати, такі надходження не включаються до доходу ФОПа, отже не підпадають під дію єдиного податку; включаються до загального оподатковуваного доходу фізичної особи - тобто оподатковуються ПДФО 18% і військовим збором 5%, разом 23%;
орендар (юрособа або ФОП) в цьому випадку стає податковим агентом, зобов’язаний утримати податки та подати форму 4ДФ з відповідним кодом доходу 126 або 127.

Тобто, проблема не в тому, що рахунок виставлений, а в тому, як оформлено операцію. Якщо в документах прямо написано «відшкодування комунальних послуг», то це сигнал для ДПС трактувати платіж як доходи фізичної особи, а не підприємця.

Більше інформації у статті за посиланням: https://7eminar.ua/news/3995-fop-i-vidskoduvannya-komunalnix-plateziv-pri-orendi

Як варіант, можна звернутися за індивідуальною податковою консультацією - можливо, у вашому випадку податкова пояснить усе інакше.

Раді допомогти, звертайтесь ще!