На нашу думку, враховувати такий платіж можна. Ризиків у підприємства немає.

В даному випадку платник сумлінно виконав всі належені дії – надав роз’яснювальний лист про те, що даний платіж слід вважати оплатою замовлення такого-то. Це цілком правомірно.

Оплата зобов'язання третьою особою ніяк не змінює договірних відносин постачальника та покупця. Податкову накладну виписуєте на замовника/покупця.

Саме ці сторони є суб'єктами ПДВ-відносин. Наявність іншого платника (що зробив оплату) на ПДВ-відносини не впливає.

Відповідне роз’янення надає також ДПС у категорії 101.16 ЗІР https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=28753, а саме: "Незалежно від того, що згідно з умовами договору виконання обов’язку щодо оплати за товари/послуги покладено на іншу особу, податкова накладна складається на покупця (отримувача) товарів/послуг."