На нашу думку, Ви маєте право провести таке нарахування умовних ПЗ з віднесенням на вартість придбаних запасів (матеріалів), які потім підуть у собівартість пільгових робіт, по яким застосвується пільга за п. 197.15 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4722).

НПСБО 9 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0751-99#Text) визначає наступне:

"9. Первісною вартістю запасів, що придбані за плату, є
собівартість запасів, яка складається з таких фактичних витрат:
суми, що сплачуються згідно з договором постачальнику
(продавцю) за вирахуванням непрямих податків та знижок, наданих
постачальником (продавцем);

суми ввізного мита;
суми непрямих податків у зв'язку з придбанням запасів, які не
відшкодовуються підприємству;
транспортно-заготівельні витрати (затрати на заготівлю
запасів, оплата тарифів (фрахту) за вантажно-розвантажувальні
роботи і транспортування запасів усіма видами транспорту до місця
їх використання, включаючи витрати зі страхування ризиків
транспортування запасів)...
інші витрати, які безпосередньо пов'язані з придбанням
запасів і доведенням їх до стану, в якому вони придатні для
використання у запланованих цілях. ..."

Сума умовного ПДВ, який Ви нараховуєте за п. 198.5 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931) -це і є сума непрямого податку (ПДВ), яка не відшкодована з буюджету, а фактично покрита за рахунок Ваших витрат.

Раді допомогти, звертайтесь ще!