Тобто фактично чеки оформлювались на ТОВ і вони є помилковими, тому що продаж товарів послуг здійснював ФОП за що отримував кошти.

За загальним правилом виправлення помилки після закриття зміни законодавстом не передбачено (https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=41323 ), тому виходить, що пправильного рішення у Вашому випадку немає.

Можна скасувати помилкові чеки (оформити ФКЧ-2), скасти акт про проведення помилкових операцій, до нього додати виписку банка що підтверджує відсутність зарахування коштів, документи мають зберігатися на ТОВ на випадок переврки. Але якщо перевищення ліміту вдбулося у попередньому кварталі,наприклад, в 3 а повернення буде проведено в 4 кварталі, то існує імовірність, що ДПС переведе ТОВ на загальну систему оподаткування.

Що стосується ФОП, то він скоріш за все отримує штраф за неоформлені чеки відповідно до п. 1 ст. 17 Закону № 265 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/265/95-%D0%B2%D1%80#n182) – 100% від вартості товарів, проданих з порушенням за перше порушення і 150% від вартості товарів за кожне наступне

Раді допомогти, звертайтесь ще!