Акт виконаних робіт: особливості оподаткування для різних систем

Ні, подвійного оподаткування тут не буде. Такі перехідні операції ви відобразите в додатку РІ декларації з податку на прибуток.

В разі зміни системи оподаткування з єдиного податку на загальну систему можуть виникати перехідні операції, коли отримали аванс в одному періоді, а відвантажили в іншому чи навпаки.
В цьому випадку при заповненні декларації з податку на прибуток за підсумками року ви подаєте до неї додаток РІ,
Навіть якщо ви є "малодохідником" і не застосовуєте податкові різниці, саме різниці по перехідних операціях для вас є обов'язковими.
Це зокрема також регулюється п.4-1 підрозділу 4 розділу ХХ "Перехідні положення" ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n8221

Сам акт наданих послуг ви виписуєте датою фактичного надання таких послуг. При цьому, якщо ви є наразі платником ПДВ, то суму в акті зазначаєте ще без ПДВ. Адже перша подія для ПДВ відбулася ще коли ви не були платником такого податку.

Щодо податку на прибуток: в вашому випадку сума коштів, що була отримана в період перебування на єдиному податку і з якої вже сплачений такий податок за ставкою 5% чи 3% буд відображена в рядку 4.2.5.2 додатку РІ декларації з податку на прибуток. А сума собівартості таких товарів/послуг, що відвантажені вже перебуваючи на загальній системі - в рядку 4.1.5.2 додатку РІ,

Якщо ж навпаки, ви відвантажили товари/надали послуги на спрощеній системі, а кошти отримали вже на загальній, то повинні заповнити рядки 4.1.5.1 в сумі вартості відвантаження та 4.2.5.1 в сумі собівартості відповідно.

Таким чином "врівноважуються" саме перехідні операції при зміні системи оподаткування.
Про це податківці також зазначають в ЗІР (категорія 102.11) https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=43011

Щодо другої частини питання, то якщо ви здійснили передплату вашому постачальнику, перебуваючи на єдиному податку, а товар отримали вже на загальній системі і дохід від його продажу теж будете отримувати вже на загальній системі, то витрати будете визначати на дату отримання доходу за правилами бухобліку, коли продасте товар. Адже сама по собі сплата авансу не впливає на оподаткування.

Про заповнення декларації на прибуток можете прочитати тут https://7eminar.ua/news/4399-perexid-zi-sproshhenoyi-sistemi-yak-zapovniti-ryadki-01-ta-02

Також в нагоді може стати Інформаційний лист податківців №4/2023 https://tax.gov.ua/media-tsentr/novini/694704.html
І хоча там детально описані ситуації саме в часи, коли була окрема спецставка єдиного податку 2%, але сам принцип перехідних операцій при зміні системи оподаткування актуальний в зараз.