Необхідно сторнувати зайво нараховану суму відпускних та податки з цієї суми й відобразити у звітні поточного періоду перерахунку.

Для утримання з працівника, якщо з дня виплати пройшло більше місяця, маєте отримати заяву, щоб дотримати норму ст.127 КЗпП. Переплату по податкам та зборам в бюджет врахуйте в наступних періодах.
В Д1 Податкового розрахунку поточного місяця такі відрахування відображаються з зазначенням місяця, за який були надані ці дні відпустки.

В п.1 розд IV Порядку №4 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0111-15/ed20210101#n368 зазначено: Внесення від’ємних значень сум нарахованої заробітної плати (нарахованого доходу) допускається лише у разі відображення:
сум перерахунків заробітку (доходу), що пов’язані з уточненням кількості відпрацьованого часу у зв’язку з відпусткою, тимчасовою непрацездатністю, допомоги у зв’язку з вагітністю та пологами, нарахованих у попередніх звітних (податкових) періодах;
сторнованих сум відпускних, допомоги з тимчасової непрацездатності та допомоги у зв’язку з вагітністю та пологами.

Таким чином, в Д1 поточногомісяця маєте зазначити сторновані відпускні зі знаком "мінус" в гр.16, 17, та ЄСВ в гр.20, в гр.10- місяць, за дні якого сторнуються відпускні.
Також зазначу: якщо за результатами перерахунку сума доходу за місяць, за якій були нараховані ці зайві відпускні, буде складати суму менше МЗП, то донарахування ЄСВ до мінімального розміру за цей місяць відображається з КТН 3.
В 4ДФ- відображайте в сукупності зарплати поточного місяця й податки- також.

Раді допомогти, звертайтесь ще!