Так, може.

Відповідно до пп. 14.1.115 ПКУ надміру сплачені грошові зобов’язання - суми коштів, які на певну дату зараховані до відповідного бюджету або на єдиний рахунок понад нараховані суми грошових зобов’язань, граничний строк сплати яких настав на таку дату.

Умови повернення помилково та/або надміру сплачених грошових зобов’язань та пені передбачені ст. 43 ПКУ.

Зокрема, обов’язковою умовою для здійснення повернення сум грошового зобов’язання та пені є подання платником податків заяви про таке повернення (крім повернення надміру утриманих (сплачених) сум податку з доходів фізичних осіб, які повертаються контролюючим органом на підставі поданої платником податків податкової декларації за звітний календарний рік за результатами проведення перерахунку його загального річного оподатковуваного доходу) протягом 1095 днів від дня виникнення помилково та/або надміру сплаченої суми та/або пені (п. 43.3 ПКУ).

Згідно з п. 43.4 ПКУ, платник податків подає заяву про повернення помилково та/або надміру сплачених грошових зобов’язань та пені, в якій зазначає напрям перерахування коштів:

на рахунок платника податків у банку, небанківському надавачу платіжних послуг;
на єдиний рахунок (у разі його використання);
на погашення грошового зобов’язання та/або податкового боргу з інших платежів, контроль за справлянням яких покладено на контролюючі органи, незалежно від виду бюджету;
повернення у готівковій формі коштів у разі відсутності у платника податків рахунку в банку, небанківському надавачу платіжних послуг.

Контролюючий орган не пізніше ніж за п’ять робочих днів до закінчення двадцятиденного строку з дня подання платником податків заяви готує висновок про повернення належних сум коштів з відповідного бюджету або з єдиного рахунку та подає його для виконання відповідному органові, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів.

На підставі отриманого висновку орган, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, протягом п’яти робочих днів здійснює повернення помилково та/або надміру сплачених грошових зобов’язань та пені платникам податків у порядку, встановленому центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну фінансову політику (п. 43.5 ПКУ).

Отже, для повернення коштів сплачених/надміру сплачених за ліцензії на право провадження відповідного виду господарської діяльності, у разі отримання відмови у її видачі, або у разі наявності надміру сплачених коштів за такі ліцензії суб’єкт господарювання повинен подати заяву про повернення коштів, в якій зазначити:

код класифікації доходів бюджету;
суму внесеного платежу;
номер і дату платіжної інструкції, що підтверджує внесення плати за відповідну ліцензію;
копію рішення про відмову у наданні ліцензії (за наявності) -= це для тих, хто спалтив за ліцензію, але отримав вімову. Якщо ви просто зробили зайвий платіж, така копія не подається.
ЗІР https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42836

Раді допомогти, звертайтесь ще!