На жаль, зараз незрозуміло: чи йдеться про надання послуг ФОПом для юридичної особи, чи про реалізацію підакцизних товарів самим ФОПом. Це дві принципово різні ситуації.

1. Аналіз КВЕДів ФОПа
КВЕД 96.09 — «Надання інших індивідуальних послуг, н. в. і. у.», що охоплює дуже різні дрібні побутові послуги (догляд за тваринами, послуги астрологів, носіїв тощо).
КВЕД 82.99 — «Надання інших допоміжних комерційних послуг, н. в. і. у.» (адміністрування програм лояльності, стенографування, введення титрів, штрих-кодування тощо).
Жоден із цих КВЕДів не охоплює роздрібну торгівлю підакцизними товарами (алкоголь, тютюн, пальне), яка віднесена до окремих КВЕДів (47.25, 47.26, 47.30, 47.11 тощо).

2. Варіант А: ФОП реально продає підакцизні товари (як «продавець» у магазині юрособи, тобто його послуги заключаються в цьому - виконанні обов'язків продавця)
У такому випадку:

Це не є надання послуг за цивільно-правовим договором, а фактично виконання трудових функцій продавця. Тут має бути трудовий договір із ТОВ, а не договір ЦПХ. Тобто, не може бути таког договору із ФОП і не може бути таких послуг, тим більше під цими КВЕД. Це стосується будь якох торгівлі, не тільки торгівлі підакцизними товарами. Касир, прдавець - це найманий працвник, а не ФОП, що надає послуги продавця чи касира.

ФОП може найтнятися до юридичнох особи як продавець за трудовим догвором, і тоді юридична особа буде виконувати норматив щодо середньої зарплати, відповідальність за це на роботодавцеві , а не на працвникові.

Для здійснення роздрібної торгівлі підакцизними товарами від свого імені - ФОП повинен мати власну ліцензію та зареєстрований на себе РРО/ПРРО за конкретним місцем торгівлі (Закон України державне регулювання виробництва і обігу спирту етилового, спиртових дистилятів, біоетанолу, алкогольних напоїв, тютюнових виробів, 3817 ст. 16 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/3817-20#n279).
Якщо ФОП працює «через» ПРРО юридичної особи — це неправомірно, бо ПРРО має бути зареєстрований на того суб’єкта господарювання, який здійснює реалізацію товару (п. 2 Порядку реєстрації РРО/ПРРО, наказ Мінфіну № 317 від 23.06.2020).
Закон № 4536 (про мінімальну зарплату для продавців підакцизних товарів) поширюється на суб’єктів, які здійснюють роздрібний продаж алкоголю і тютюну. Якщо ФОП здійснює саме продаж (а не інші послуги), то дія цього закону на нього теж поширюється.

3. Варіант Б: ФОП надає інші послуги юрособі, яка має ліцензію. Своїх послуги він надає відповідно до своїх КВЕД.
У цьому випадку:

Юрособа лишається продавцем підакцизних товарів, через свій ПРРО, зі своєю ліцензією.
ФОП може надавати допоміжні послуги (наприклад, маркетингові, консультаційні, пакування, прибирання, логістика, адміністрування програми лояльності тощо). Тут немає вимог ані щодо ліцензії у ФОПа, ані щодо «мінімальної зарплати продавців». Юрособа для нього такий самий клієнт, як і інші, і навність ліцензіїї у клієнта нік не впливає на діяльнісь ФОП.
Дія Закону № 4536 у такому випадку на ФОПа не поширюється, бо він не є суб’єктом роздрібної торгівлі підакцизними товарами.

Головна проблема запитання - невизначеність: ключова неясність полягає в тому, що ФОП, згідно тексту, одночасно :

«ФОП надає послуги»,
але далі згадується про «реалізацію товарів через ПРРО».
Це протиріччя. Якщо є реалізація товару — то це торгівля, і вона регулюється зовсім іншими правилами. Якщо є лише послуги юрособі — то ФОП не має відношення до ПРРО та ліцензії на підакцизні товари, і відповідно на нього не розповсюджується вимога щодо мінімальног доходу, як на продавців підакцизних товарів.

Буде доцільно уточнити, що саме малося на увазі під послугами, та чому виникло питання про використання РРО/ПРРО юридичної особи.

Раді допомогти, звертайтесь ще!