Розглянемо окремо Ваші питання:

1) Так. До бази оподаткування ПДВ реально потрапляє саме сума продажу із Z-звіту, але не нижче ціни придбання або звичайної ціни (п. 188.1 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4551).

У разі перевищення ціни придбання або звичайної ціни над ціною реалізації донараховуємо ПДВ на різницю.

2) Відображатися у фіскальних чеках бонуси можуть як знижка на товар по чеку.

Також раніше були роз’яснення податківців де вони радили у разі проведення розрахунків за попередньою (авансовою) оплатою з використанням раніше нарахованих бонусів за товар (послугу) проводити такі через РРО з зазначенням у касовому чеку, наприклад, «бонус» (Роз’яснення Головного управління ДПС у Донецькій області від 02.12.2019 року).

Зараз в ЗІР (категорія 109.02 https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42910), податківці роз’яснюють як оформлювати чеки у разі оплати подарунковим сертифікатом. Тобто форма розрахунку (рядок 18 фіскального чека) може бути виключно безготівкова, а засіб оплати (рядок 19) має відповідати способу, який фактично використано при оплаті товару («подарунковий сертифікат», «талон», «відомість», а за безкоштовними рецептами – «безоплатно» та суму коштів за цією формою оплати).

Тобто, як варіант, при оплаті вартості (її частини) товару за бонуси, у фіскальному чекові може бути вказано форма оплати безготівкова, засіб оплати – бонуси і відповідна сума.

3) Для цілей бухгалтерського обліку нараховані бонуси можуть обліковуватися, наприклад на позабалансовому субрахунку 042 «Непередбачені зобов’язання». Облік потрібно вести по кожному покупцю.

Якщо протягом строку дії бонусів покупець так ними і не скористається, то їх списують з позабалансового рахунку.

4) Потрібно виписати податкову накладну із типом причини 15. Така ПН може бути звичайною або зведеною, у цьому випадку дата оформлення ПН має бути не пізніше останнього дня звітного періоду (п. 201.4 ПКУ).

Раді допомогти, звертайтесь ще!