1. Чи виникли зобов’язання перед перевізником?
У вашого підприємства не було договору з перевізником.
Замовником виступав шахрай-ФОП, який і уклав угоду з перевізником.
Тому юридичних зобов’язань між вашим підприємством і перевізником немає. Ви не є боржником перед перевізником, навіть якщо фактично скористалися його перевезенням.
Отже, перевізник повинен вимагати оплату саме від того, з ким уклав договір (шахрая), а не від вашої компанії.

2. Як розцінювати отримані послуги перевезення?
Фактично ви отримали їх безоплатно, адже оплата пішла не виконавцю, а шахраю.
У бухгалтерському обліку безоплатно отримані послуги визнаються одночасно доходом і витратами (п. 5, 12 НП(С)БО 15 «Дохід»):

Дт 93 (витрати на збут) / 92 (адміністративні витрати) Кт 685 — на суму справедливої вартості послуг;
Дт 685 Кт 719 — дохід від безоплатно отриманих послуг.
Таким чином, фінансовий результат не змінюється, бо дохід дорівнює витратам.

3. Що робити з оплатою ФОПу?
Формально це ваша втрата у вигляді дебіторської заборгованості (Дт 377 Кт 311). Ви проводите її як оплату контрагенту, який відомий (є рахунок). Однак, оскліьки немає документів на постачання послуг, така заборгованість не закривається, вона лишається в обліку.
Далі її можна списати як безнадійну (Дт 944 Кт 377), але для цього потрібні підстави. Такими підставами можуть бути:

закінчення строку позовної давності;
впевненість у неповерненні боргу, відповідно до НП(С)БО 10.
Оскільки підприємство не застосовує податкові різниці, воно має право списати заборгованість за власним рішенням у разі підтвердженої впевненості, що кошти не повернуться. Для мінімізації ризиків перед податковою доцільно мати підтвердження — принаймні заяву до поліції або інші документи. Без цього податкова може поставити питання: на якій підставі борг визнано безнадійним.

4. Податкові наслідки

Податок на прибуток. Якщо компанія малодохідна — враховується тільки бухгалтерський облік. У бухобліку визнається дохід від безоплатно отриманих послуг, який врівноважується витратами, та витрати від списання заборгованості, коли таке списання буде здійснене. Це зменшить фінансовий результат у періоді списання заборгованості.
Як зазначено вище, для списання потрібні підстави: впевненість у неповерненні, бажано підтверджена документально (наприклад, службова записка, ділова переписка, копія заяви до поліції). Для обґрунтування у внутрішньому обліку слід видати наказ керівника.

Податкового кредиту немає, бо не було податкової накладної (ФОП-шахрай її не складе, а перевізник не має договору з вами). Податкових зобов’язань з ПДВ на безоплатно отримані послуги теж немає — вони нараховуються лише при безоплатному наданні, а не отриманні.

Раді допомогти, звертайтесь ще!