У даній ситуації головне — підтвердити реальний зміст господарських операцій між ПП та ФОП.

Первинні документи.
Саме первинні документи (акти виконаних робіт, накладні, рахунки тощо) підтверджують факт і зміст виконаних робіт чи наданих послуг. Вони є визначальними, а призначення платежу в банківській виписці — лише технічна інформація для ідентифікації платежу, яка не змінює суті господарської операції.
Пояснення від ФОП.
Оскільки ситуація повторювалася систематично (кілька років поспіль), доцільно отримати від ФОП письмові пояснення, у яких він зазначає:

що помилково використовував шаблон призначення платежу («за договором оренди»), який не відповідав фактичним відносинам;
що насправді ці платежі здійснювалися за іншим договором (виконання робіт/надання послуг).
Такі пояснення варто зробити з датами, які відповідають періодам помилкових платежів.
Внутрішні документи підприємства.
Для впевненості позиції ПП доцільно мати підтвердні документи щодо виконаних робіт:

акти виконаних робіт між сторонами;
внутрішні документи підприємства (складські документи про рух матеріалів, калькуляції витрат на роботи, відомості про нарахування зарплати тощо).
Це дозволить обґрунтовано підтвердити, що ПП реально виконував роботи, а не надавав послуг з оренди.
Ризики для ПП.
Відповідальності за помилку контрагента у призначенні платежу ПП не несе. Головне — наявність належних первинних документів та пояснень від ФОП.

Раді допомогти, звертайтесь ще!