Ні, не буде.

Самоштраф 3% не нараховується, це пряма норма п. 69.38 підр.10 р. ХХ ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n8462 відповідно до якої тимчасово, на період з 1 серпня 2023 року до припинення або скасування воєнного стану на території України, введеного Указом Президента України "Про введення воєнного стану в Україні" від 24 лютого 2022 року № 64/2022, затвердженим Законом України "Про затвердження Указу Президента України "Про введення воєнного стану в Україні" від 24 лютого 2022 року № 2102-IX, у разі самостійного виправлення платником податків з дотриманням порядку, вимог та обмежень, визначених статтею 50 цього Кодексу, помилок, що призвели до заниження податкового зобов’язання, такий платник звільняється від нарахування та сплати штрафних санкцій, передбачених пунктом 50.1 статті 50 цього Кодексу, та пені.

При заповненні декларації система може показувати попередження через відсутність даних по самоштрафу.
Щоб автоматично не нараховувався штраф, спробуйте відключити функцію автозаповнення документа, для цього потрібно зняти позначку "V" в полі Авто розрахунок, яке в ЕК знаходиться в кінці панельного ряду з символами "Перевірити", "Скачати", "Вилучити", тощо.
При перевірці документу буде видавати попередження, декларація буде з помаранчевою галочкою, але це не помилка, відправляйте, квитанція 2 прийде зелена.

Раді допомогти, звертайтесь ще!