За визначенням МКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/4495-17?find=1&text=90+%D0%B4%D0%BD%D1%96%D0%B2#n845):

"Стаття 55. Коригування митної вартості товарів

1. Рішення про коригування заявленої митної вартості товарів, які ввозяться на митну територію України з поміщенням у митний режим імпорту, приймається митним органом у письмовій формі під час здійснення контролю правильності визначення митної вартості цих товарів як до, так і після їх випуску, якщо митним органом у випадках, передбачених частиною шостою статті 54 цього Кодексу, виявлено, що заявлено неповні та/або недостовірні відомості про митну вартість товарів, у тому числі невірно визначено митну вартість товарів.

2. Прийняте митним органом письмове рішення про коригування заявленої митної вартості товарів має містити:

...4) обґрунтування числового значення митної вартості товарів, скоригованої митним органом, та фактів, які вплинули на таке коригування;

5) інформацію про:

а) право декларанта або уповноваженої ним особи на випуск у вільний обіг товарів, що декларуються:

у разі згоди декларанта або уповноваженої ним особи з рішенням митного органу про коригування митної вартості товарів - за умови сплати митних платежів згідно з митною вартістю, визначеною митним органом;

у разі незгоди декларанта або уповноваженої ним особи з рішенням митного органу про коригування заявленої митної вартості товарів - за умови сплати митних платежів згідно із заявленою митною вартістю товарів та надання забезпечення сплати митних платежів відповідно до розділу Х цього Кодексу в розмірі, визначеному митним органом відповідно до частини сьомої цієї статті...

4. Під час митного оформлення при прийнятті митним органом письмового рішення про коригування митної вартості товарів декларант або уповноважена ним особа може здійснити коригування заявленої митної вартості у строк, встановлений частиною другою статті 263 цього Кодексу.

...7. У випадку незгоди декларанта або уповноваженої ним особи з рішенням митного органу про коригування заявленої митної вартості товарів митний орган за зверненням декларанта або уповноваженої ним особи випускає товари, що декларуються, у вільний обіг за умови сплати митних платежів згідно з митною вартістю цих товарів, визначеною декларантом або уповноваженою ним особою, та забезпечення сплати різниці між сумою митних платежів, обчисленою згідно з митною вартістю товарів, визначеною декларантом або уповноваженою ним особою, та сумою митних платежів, обчисленою згідно з митною вартістю товарів, визначеною митним органом, шляхом надання забезпечення сплати митних платежів відповідно до розділу Х цього Кодексу на строк 90 днів з дня випуску товарів.

...11. У разі якщо митним органом протягом строку, зазначеного у частині дев’ятій цієї статті, надано обґрунтовану відмову у визнанні заявленої митної вартості з урахуванням додаткових документів або якщо протягом строку, зазначеного у частині восьмій цієї статті, декларант або уповноважена ним особа не надала митному органу додаткові документи для підтвердження заявленої ним митної вартості товарів, що декларуються, кошти, внесені/переказані як грошова застава у розмірі суми митних платежів, перераховуються до державного бюджету в рахунок сплати відповідних митних платежів наступного робочого дня після закінчення строку, визначеного у частині сьомій цієї статті."

Отже, якщо Ви перерахували на рахунок митниці платежі в тій сумі, в який вони визначили, але частина цієї суми перебуває в статусі забезпечення і не перерахована до бюджету, то в обілку:

Дт 377/митниця Кт 311 - перерахувати митні поатежі в тій сумі, що виставила митниця

Дт 281 Кт 377/митниця - сума мита врахована по МД (графа В, код рядка 020)

Дт 6412 Кт 377/митниця - поставлена в податковий кредит сума ПДВ врахована по МД (графа В код рядка 028). Ця сума також підтверджується сумою, що поповнила Вам реєстраційний ліміт по ПН на момент розмитнення

Тобто, різниця між сумою Вашої оплати і даними гр. В зависає на переплаті у митниці (Дт 377/митниця).

Раді допомогти, звертайтесь ще!