У бюджетних установах питання розмежування повноважень між керівником і головним бухгалтером регулюються низкою нормативно-правових актів, зокрема:

Бюджетним кодексом України,
Постанова КМУ від 26 січня 2011 р. № 59 «Про затвердження Типового положення про бухгалтерську службу бюджетної установи» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/59-2011-%D0%BF#Text),
Законом України «Про бухгалтерський облік та фінансову звітність в Україні» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/996-14#Text),
Положенням про централізовану бухгалтерію, затвердженим відповідним органом управління або засновником.

Керівник установи несе персональну відповідальність за організацію діяльності, у тому числі – за фінансову дисципліну та контроль.
Проте головний бухгалтер відповідає за здійснення контролю за веденням бухгалтерського обліку, правильністю оформлення фінансових операцій, відповідність їх бюджетному законодавству.

Головний бухгалтер має право і навіть зобов’язаний:

ініціювати підготовку розпорядчих документів (наказів, розпоряджень) щодо фінансової дисципліни, облікових процедур, порядку контролю.
готувати проекти таких документів у частині, що стосується бухгалтерського обліку, касової дисципліни, контролю витрат, інвентаризації, фінансової звітності тощо.
Кінцеве прийняття та підписання таких документів – виключна компетенція керівника.

Можливо у вашому випадку необхідно переглянути посадові інструкції головного бухгалтера.

Раді допомогти, звертайтесь ще!