Означену комісію банку, на наш погляд, краще відображати із застосуванням рахунку 39.

Відповідно до п. 18 НП(С)БО 16 - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0027-00#o39 до складу адміністративних витрат зараховано, зокрема, плата за розрахунково-касове обслуговування та інші послуги банків.
Отже, як бачите, комісії, сплаченій банку, загалом місце у складі адмінвитрат.

Однак, оскільки, судячи із запитання, термін дії банківської гарантії у Вас складає більше року, то вважаємо, з метою обережності доцільно спочатку всю суму такої комісії показати на рахунку 39 "Витрати майбутніх періодів" (Дт 39 Кт 685 та Дт 685 Кт 311). А потім, допоки діє гарантія, щомісячно рівномірно на підставі бухдовідки списувати відповідні суми до складу адмінвитрат (Дт 92 Кт 39).
До речі, саму суму, на яку банк видав гарантію, Вам ще треба обліковувати за балансом на рахунку 06 "Гарантії та забезпечення отримані" (див. Інструкцію № 291 - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0893-99#n1221).