На нашу думку, Ви маєте відобразити цю суму в ряд. 11.1 з мінусом за наявності аркушу коригування до МД, якщо раніше включили суму податкового кредиту до декларації.

ЗІР (101.24, https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=43066):

"Як платнику ПДВ в податковій декларації з ПДВ відобразити коригування (збільшення / зменшення) заявленої митної вартості товарів, які ввозяться на митну територію України у митному режимі імпорту?
Відповідь:
У випадку, коли після митного оформлення товарів, поміщених у митний режим імпорту, змінюється величина митної вартості цих товарів (зменшення митної вартості за рішенням суду або митним органом прийнято рішення про коригування (зменшення) заявленої митної вартості товарів), коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, на дату набуття рішення суду законної сили або на дату прийняття відповідного рішення, відображається на підставі аркуша коригування до митної декларації у рядку 11.1, 11.2, та 11.3 (в залежності від ставки) податкової декларації з ПДВ (далі – декларація) зі знаком «мінус».
Якщо митним органом прийнято рішення про коригування (збільшення) заявленої митної вартості товарів, то коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, відображається у рядку 11.1, 11.2, 11.3 (в залежності від ставки податку) декларації на дату сплати ПДВ на підставі аркуша коригування до митної декларації."

Право на податковий кредит при імпорті визначається за ст. 198 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931):

"198.1. До податкового кредиту відносяться суми податку, сплачені/нараховані у разі здійснення операцій з:

...ґ) ввезення товарів та/або необоротних активів на митну територію України.

198.2. ...Для операцій із ввезення на митну територію України товарів датою віднесення сум податку до податкового кредиту є дата сплати податку за податковими зобов'язаннями згідно з пунктом 187.8 статті 187 цього Кодексу, а для операцій з постачання послуг нерезидентом на митній території України - дата складення платником податкової накладної за такими операціями, за умови реєстрації такої податкової накладної в Єдиному реєстрі податкових накладних."

Відповідно, коли зараз ця помилка на митниці виправляється і кошти Вам повертаються, то на нашу думку, Ви маєте поставити їх до декларації з мінусом.

Якщо ж за рішенням суду Вам дійсно буде відмовлено в бюджетному відшкодуванні, оскільки Ви не мали права на податковий кредит в момент розмитнення товарів, то це буде означати, що не маючи права на податкови кредит, Ви не має його і коригувати зараз.

Додатково рекоммендуємо отримати ІПК

Раді допомогти, звертайтесь ще!