Порядок поадння документів регулюється ст. 85 ПКУ, Пояснення податкової https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=39220 та https://tr.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/print-406847.html

Але, текст цього пояснення теж може задаватися незрозумілим, в конетексті вашого питання, тому ми звернулися до Консультаційноо центру та отримали наступну відопвідь:

"Необхідно сформувати, підписати документ та завантажити файл у форматі pdf із обмеженням розміру не більше 5 МБ."

Це означає: Ви повинні зробити паперову копію документа, на якій власноруч написати "З оригіналом згідно", підписати її (посадова особа — директор), вказати дату, при наявності — поставити печатку.
Відсканувати цей засвідчений документ у формат PDF.
У розділі "Листування з ДПС" завантажити цей PDF-файл не більше 5 мб, підписати електронним підписом директора (КЕП) та печаткуу за навяності і відправити.

Податкова трактує "копія, засвідчена підписом" як обов’язково власноруч підписану копію (а не електронний підпис у файлі), бо тільки це підтверджує, що людина реально бачила оригінал і засвідчує саме копію (ст. 85.4, 85.8 ПКУ).
Просто прикріпити "чистий" скан чи електронний документ, підписаний лише КЕП при відправці — недостатньо для виконання вимоги про засвідчення копії.
Печатка ставиться тільки якщо є — відсутність печатки не є підставою для відмови.
Таким чином:

На сканованій копії документі має бути власноручний підпис та напис "З оригіналом згідно" (або "Копія вірна"), ПІБ, дата, печатка (за наявності).

Документ засвідчується кожний окремо, подавати одним файлом не передбачено.

Раді допомогти, звертайтесь ще!