На нашу думку, в МД по кожній товарній позиції є окремий розділ, в якому вказують мита та ПДВ.

І якщо по якійсь товарній позиції мито не платилося, то саме на цю позицію не можна списувати "уже" мито.

За визначенням НПСО 9 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0751-99#Text):

"7. Одиницею бухгалтерського обліку запасів є їх найменування
або однорідна група (вид).
8. Придбані (отримані) або вироблені запаси зараховуються на
баланс підприємства за первісною вартістю.
9. Первісною вартістю запасів, що придбані за плату, є
собівартість запасів, яка складається з таких фактичних витрат:
суми, що сплачуються згідно з договором постачальнику
(продавцю) за вирахуванням непрямих податків та знижок, наданих
постачальником (продавцем);

суми ввізного мита;

суми непрямих податків у зв'язку з придбанням запасів, які не
відшкодовуються підприємству;
транспортно-заготівельні витрати (затрати на заготівлю
запасів, оплата тарифів (фрахту) за вантажно-розвантажувальні
роботи і транспортування запасів усіма видами транспорту до місця
їх використання, включаючи витрати зі страхування ризиків
транспортування запасів). ...
інші витрати, які безпосередньо пов'язані з придбанням
запасів і доведенням їх до стану, в якому вони придатні для
використання у запланованих цілях. До таких витрат, зокрема,
належать прямі матеріальні витрати, прямі витрати на оплату праці,
інші прямі витрати підприємства на доопрацювання і підвищення
якісно технічних характеристик запасів. ...
У разі, якщо на момент оприбуткування запасів неможливо
достовірно визначити їх первісну вартість, такі запаси можуть
оцінюватися та відображатися за справедливою вартістю з наступним
коригуванням до первісної вартості."

Отже, маєте проконтролювати, щоб суми мита потрапили тільки на ті товрані позиції, які ним дійсно обкладалися при ввезенні.

Раді допомогти, звертайтесь ще!