Чи нараховувати доплату за військовий облік під час відпустки

Тільки за фактично відпрацьовані дні.

Якщо доплата встановлена у відсотках від розміру окладу (наприклад, 50%), формула розрахунку такої доплати щомісяця буде:
Доплата = Нарахований оклад за відпрацьований час * 50%
Оклад нараховується пропорційно відпрацьованому часу згідно зі ст. 1 Закону про оплату праці (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/108/95-%D0%B2%D1%80#n12).
У разі відпрацювання місяця не повністю оклад нараховується наступним чином:
Нарахований оклад за фактично відпрацьований час = Оклад згідно з умовами трудового договору / Норма робочих днів (годин) у місяці * Фактично відпрацьовані дні (години) у місяці.
Таким чином, доплата у неповному місяці (за неповного робочого часу, через відпустки, лікарняний тощо) буде нарахована пропорційно відпрацьованому часу.
У Вашому випадку доплата має бути порахована у % від окладу за фактично відпрацьований час до та після відпустки.

Раді допомогти, звертайтесь ще!