Стосовно добових Ви все зробили у межах чинного законодавства. Оскільки їх розмір не перевищує еквівалента 80 євро за добу, а також є відмітки у паспорті, згідно з пп. "а" пп. 170.9.1 ПКУ 36 000 грн добових виплачуються працівнику без оподаткування. Якщо працівник не надав документів про інші витрати у відрядженні, виплачуються тільки добові.

Згідно зі ст. 121 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08#n719) працівникам, які направлені у службове відрядження, оплата праці за виконану роботу здійснюється відповідно до умов, визначених трудовим або колективним договором, і розмір такої оплати праці не може бути нижчим середнього заробітку. Отже, треба оплатити по більшій величині: середній чи денній.
Середній заробіток згідно з Порядком № 100 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/100-95-%D0%BF#Text) буде визначатись за розрахунковий період березень-квітень 2025 року: зарплату за березень і квітень ділимо на кількість відпрацьованих робочих днів березні та квітні 2025 року.
Денна зарплата за травень визначається шляхом ділення окладу на кількість планових робочих днів травня.
Якщо отримана середня більша за денну – оплачуємо по середній. Якщо денна буде більшою за середню – оплачуємо по денній.

Якщо у вихідний день за графіком роботи працівника у відрядженні він не працює, а тільки перебуває місті відрядження або знаходиться в дорозі, заробітна плата за ці дні не нараховується, а от добові та витрати на проживання компенсуються згідно зі ст. 121 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08#n719).
Пунктами 9-11 розділу І Інструкції № 59 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0218-98#top) передбачено таке:

Якщо працівник спеціально відряджений для роботи у вихідні або святкові й неробочі дні, то компенсація за роботу в ці дні виплачується відповідно до чинного законодавства.
Якщо працівник відбуває у відрядження у вихідний день, то йому після повернення з відрядження в установленому порядку надається інший день відпочинку.
Якщо наказом про відрядження передбачено повернення працівника з відрядження у вихідний день, то працівникові може надаватися інший день відпочинку відповідно до законодавства у сфері регулювання трудових відносин.
Оскільки Інструкція № 59 не є обов’язковою для приватного підприємства, аналогічні норми мають бути затверджені у Вашому положенні про відрядження.

Якщо ж працівник працює у відрядженні у вихідний день, така робота вважається надурочною з відповідною оплатою згідно зі ст. 106 КЗпП: за погодинною системою оплати праці робота в надурочний час оплачується в подвійному розмірі годинної ставки.
Згода працівника на відрядження у вихідний день є обов’язковою і оформлюється його заявою.

Раді допомогти, звертайтесь ще!