Так, можна організувати електронний документообіг (ЕДО) лише з окремими контрагентами. Бажано таке погодити з контрагентом.
Немає вимоги переходити "всім або нікому".

Можна навіть застосувати змішаний документообіг з одним контрагентом. Ви за згодою з контрагентами визначаєте, які самі документи будуть складатися в електронній формі. Можлива ситуація, коли лише якісь визначені документи будуть складатися в електронному вигляді, а інші (наприклад, видаткові накладні) — у паперовому. Це не заборонено. Юридична сила документа не може бути заперечена тільки через його форму.

Закон про бухоблік (ч. 2 ст. 9) дозволяє складати первинні документи в електронній формі. Якщо електронний документ складений належним чином (тобто містить електронні підписи осіб, що мають повноваження підписувати такий документ, та містить обов’язкові реквізити первинного документа), то він має таку ж юридичну силу, що і паперовий документ (ст. 8 Закону про електронні документи).

Тобто, на юридичну силу електронного документа наявність або відсутність додаткової угоди ніяк не вливає. Якщо електронний документ оформлений належним чином, то його юридична сила не може бути заперечена

Погодження між сторонами може бути оформлене:

Окремим договором про електронний документообіг, або
Додатковою угодою до основного договору, або
Обміном листами/заявою-погодженням (але краще договір/угода).
У договорі слід передбачити:

перелік документів, що передаються в електронному вигляді (зокрема ВН);
формат, система обміну (M.E.Doc, СОТА, FREDO, Вчасно тощо);
способи підтвердження отримання, зберігання;
порядок вирішення спорів (напр., якщо не дійшов документ тощо).

Раді допомогти, звертайтесь ще!