Заголовок тимчасово відсутній

Штрафу за зайве нарахування індексації, якщо це приватне підприємство, не буде, адже порушення прав працівників тут немає.

Утримати з працівника таку переплату можна лише за його заявою.
Згідно зі ст. 1215 ЦКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/435-15#n5683) не підлягає поверненню безпідставно набуті заробітна плата і платежі, що прирівнюються до неї, пенсії, допомоги, стипендії, відшкодування шкоди, завданої каліцтвом, іншим ушкодженням здоров'я або смертю, аліменти та інші грошові суми, надані фізичній особі як засіб до існування, якщо їх виплата проведена фізичною або юридичною особою добровільно, за відсутності рахункової помилки з її боку і недобросовісності з боку набувача.
До рахункових (лічильних) помилок належать неправильності в обчисленнях, дворазове нарахування заробітної плати за один і той самий період тощо. Не можуть вважатися ними не пов'язані з обчисленнями помилки в застосуванні закону та інших нормативно-правових актів, у тому числі колективного договору. (Постанова Пленуму ВСУ № 13 від 24.12.1999 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/v0013700-99#Text)
Ваша помилка не є рахунковою, тому стягнути з працівника таку переплату можна лише за його заявою.

Якщо заява подана, видається наказ про проведення виправлення помилки і індексація за січень, лютий і березень сторнується у квітні.

Якщо працівник заяву не подає, сторнувати індексацію не можна. Вона так і залишиться частиною його зарплати.
Якщо сторнування відбудеться, подавати уточнюючі звіти не потрібно, адже в обліку донараховані/сторновані суми фонду оплати праці за минулий період відображають винятково в поточному місяці. Адже такі суми належать до фонду оплати праці того місяця, в якому їх донарахували/сторнували (пп. 1.6.2 Інструкції № 5 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0114-04#Text)
Таким чином, сторнована сума індексації за попередні місяці буде просто зменшувати зарплату за квітень, яка відображається у Д1 та Д4 податкового розрахунку.

Раді допомогти, звертайтесь ще!