Так, можна - якщо це передбачено договором або погоджено між сторонами.

Відповідно до Цивільного кодексу України (ст. 901) - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/435-15#n4306, сторони у договорі на надання послуг можуть самостійно визначати порядок, строки і форму підтвердження факту надання послуг. Таким підтвердженням зазвичай є акт наданих послуг, і немає вимоги складати його щомісячно, якщо інше не передбачено умовами співпраці.

Для ТОВ - мікропідприємства, яке звітує один раз на рік, та ще й за умови, що оплата за послуги надходить поквартально, оформлення акту раз на квартал є цілком прийнятною практикою. У такому випадку дохід у бухгалтерському обліку визнається на дату підписання акту (відповідно до НП(С)БО 15 "Дохід") https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0860-99#o12, а передоплата - обліковується як доходи майбутніх періодів до моменту надання послуг

Отже, оформлення одного акту за три місяці наприкінці кварталу - допустимо та не порушує ні бухгалтерських, ні податкових вимог, за умови, що така практика закріплена у договорі або підтверджена фактичною згодою сторін.

Раді допомогти, звертайтесь ще!