На нашу думку, в цій ситуації можливі такі варіанти:

1) товар вказаний в інвойсі, але фактично не пройшов митницю і його немає в наявності.

Тоді були фактично розмитнені товари, вказані в інвойсі, крім одного - якого не було фактично ввезено в Україну.

Тому такий товар Ви не прибутковуєте. Дані по фактурній вартості товару відповідають даним інвойсу по тим позиціям, які ввезені в Україну і є в МД.

Тут нічого робит не треба, товар оприбуткований на підставі даних МД,

2) товар вказаний в інвойсі, але фактично не пройшов митницю, але є в наявності.

Це означає, що цей товар Ви ввезли в Україну без митного оформлення.

Якщо оприбуткуєте і будете продавати цей товар, то фактично Ви будете продавати контрабандний товар, який Ви офіційно не ввозили в Україну.

Наслідки:

1) для Вас - фактично продаж товару, який не ввозився в Україну. Це означає, що Ви не сплатили митних платежів з цього товару (мито та ПДВ) і цей товар офіційно не випускався у вільний обіг в Україні для використання та продажу.

2) для покупців - можуть бути проблеми з податковим кредитом, якщо підуть "по ланцюгу" та з`ясують, що такий товар в Україну не розмитнювався.

МКУ визначає зокрема наступне (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/4495-17?find=1&text=%D0%BA%D0%BE%D0%BD%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%B1%D0%B0%D0%BD%D0%B4#n3806):

"Стаття 483. Переміщення або дії, спрямовані на переміщення товарів через митний кордон України з приховуванням від митного контролю

1. Переміщення або дії, спрямовані на переміщення товарів через митний кордон України з приховуванням від митного контролю, тобто з використанням спеціально виготовлених сховищ (тайників) та інших засобів або способів, що утруднюють виявлення таких товарів, або шляхом надання одним товарам вигляду інших, або з поданням митному органу як підстави для переміщення товарів підроблених документів чи документів, одержаних незаконним шляхом, або таких, що містять неправдиві відомості щодо найменування товарів, їх ваги (з урахуванням допустимих втрат за належних умов зберігання і транспортування) або кількості, країни походження, відправника та/або одержувача, кількості вантажних місць, їх маркування та номерів, неправдиві відомості, необхідні для визначення коду товару згідно з УКТ ЗЕД та його митної вартості, -

тягнуть за собою накладення штрафу в розмірі від 50 до 100 відсотків вартості товарів - безпосередніх предметів порушення митних правил з конфіскацією товарів, транспортних засобів із спеціально виготовленими сховищами (тайниками), що використовувалися для приховування товарів - безпосередніх предметів порушення митних правил від митного контролю, або з конфіскацією товарів - безпосередніх предметів порушення митних правил, а також товарів, транспортних засобів із спеціально виготовленими сховищами (тайниками), що використовувалися для приховування товарів - безпосередніх предметів порушення митних правил від митного контролю.

2. Дії, передбачені частиною першою цієї статті, вчинені особою, яка протягом року притягалася до відповідальності за вчинення правопорушення, передбаченого цією статтею або статтею 482 цього Кодексу, -

тягнуть за собою накладення штрафу в розмірі від 150 до 200 відсотків вартості товарів - безпосередніх предметів порушення митних правил з конфіскацією цих товарів, а також товарів, транспортних засобів із спеціально виготовленими сховищами (тайниками), що використовувалися для приховування товарів - безпосередніх предметів порушення митних правил від митного контролю."

Додатково рекомендуємо отримати роз`яснення митного органу.

Раді допомогти, звертайтесь ще!