На нашу думку, все залежить від умов договору - Вашого з нерезидентом і Вашого з контрагентом.

Якщо браковані запчастини не повертаються Вам, а ви не повертаєте їх нерезиденту, і при цьому ввезення запчастин на заміну відбулося в режимі імпорту на безоплатній основі, але ця запчастина призначається не для Вас, а для контрагента, в обліку могло бути так:

Дт 377 Кт 311 - заплатили митниці за митні платежі

Дт 93 Кт 377 - мито

Дт 6412 Кт 377 - податковий кредит з ПДВ по ввезеній запчастини

Дт 025 - прийняли запчастини для гарантійної заміни

Кт 025 - списали передану запчастину покупцю-резиденту по гарантійній заміні

Дт 949 Кт 6412 - по імпортному ПДВ - нараховуємо умовні ПЗ за п. 198.5 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931), адже запчастина використана не у Вашій власній діяльності підприємства (не належить підприємству).

Додатково рекомендуємо отримати ІПК по цій ситуації

Раді допомогти, звертайтесь ще!