Заголовок тимчасово відсутній

Варто насамперед керуватись договором, там принаймні мало б бути написано яка частина з яких коштів сплачується.

Податківці у своїх розʼясненнях теж радять керуватись договорами. https://ck.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/828919.html

Підтвердженням того, що товари/послуги оплачуються за рахунок бюджетних коштів, є наявність у договорі на постачання товарів/послуг умови, що оплата за поставлені товари/послуги здійснюється з відповідного рахунку Державного казначейства України.

На дату виникнення податкових зобов'язань платник податку зобов'язаний скласти податкову накладну в електронній формі з дотриманням умови щодо реєстрації у порядку, визначеному законодавством, кваліфікованого електронного підпису уповноваженої платником особи та зареєструвати її в Єдиному реєстрі податкових накладних у встановлений ПКУ термін (пункт 201.1 статті 201 ПКУ).

Отже, у разі якщо договором передбачено, що товари/послуги частково оплачуються за рахунок бюджетних коштів, а частково - коштом покупця, то за операцією з постачання таких товарів/послуг датою виникнення податкових зобов'язань (тобто датою, на яку має бути складена податкова накладна) є:

• для частини товарів/послуг, вартість якої оплачується за рахунок бюджетних коштів - дата отримання бюджетних коштів на поточний рахунок постачальника;
• для частини товарів/послуг, вартість якої оплачується коштом покупця - дата першої події: або сплата покупцем коштів, або відвантаження товарів (для послуг - оформлення документа, що засвідчує факт постачання послуг).

Тому для вас найкраще буде щоб норма про оплату бюджетними грошима була, тобто на момент першої події ви керувались договором, тому не склали податкову, а якщо в результаті порушення умов договору оплата відбудеться не з того рахунку, котрий вказаний у договорі, то хоч будете мати підставу, щоб оспорювати штраф. Або інший варіант - такий як описали ви.

Раді допомогти, звертайтесь ще!