Вважаємо, що у Вас сплата ПДВ до бюджету відбулася за Рішенням митного органу згідно ст. 55 МКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/4495-17?find=1&text=90+%D0%B4%D0%BD%D1%96%D0%B2#n845):

"Стаття 55. Коригування митної вартості товарів

1. Рішення про коригування заявленої митної вартості товарів, які ввозяться на митну територію України з поміщенням у митний режим імпорту, приймається митним органом у письмовій формі під час здійснення контролю правильності визначення митної вартості цих товарів як до, так і після їх випуску, якщо митним органом у випадках, передбачених частиною шостою статті 54 цього Кодексу, виявлено, що заявлено неповні та/або недостовірні відомості про митну вартість товарів, у тому числі невірно визначено митну вартість товарів.

...7. У випадку незгоди декларанта або уповноваженої ним особи з рішенням митного органу про коригування заявленої митної вартості товарів митний орган за зверненням декларанта або уповноваженої ним особи випускає товари, що декларуються, у вільний обіг за умови сплати митних платежів згідно з митною вартістю цих товарів, визначеною декларантом або уповноваженою ним особою, та забезпечення сплати різниці між сумою митних платежів, обчисленою згідно з митною вартістю товарів, визначеною декларантом або уповноваженою ним особою, та сумою митних платежів, обчисленою згідно з митною вартістю товарів, визначеною митним органом, шляхом надання забезпечення сплати митних платежів відповідно до розділу Х цього Кодексу на строк 90 днів з дня випуску товарів.

...11. У разі якщо митним органом протягом строку, зазначеного у частині дев’ятій цієї статті, надано обґрунтовану відмову у визнанні заявленої митної вартості з урахуванням додаткових документів або якщо протягом строку, зазначеного у частині восьмій цієї статті, декларант або уповноважена ним особа не надала митному органу додаткові документи для підтвердження заявленої ним митної вартості товарів, що декларуються, кошти, внесені/переказані як грошова застава у розмірі суми митних платежів, перераховуються до державного бюджету в рахунок сплати відповідних митних платежів наступного робочого дня після закінчення строку, визначеного у частині сьомій цієї статті."

Позиція ДПСУ

ЗІР (101.24, https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42091):

"Як платнику ПДВ в податковій декларації з ПДВ відобразити коригування (збільшення/зменшення) заявленої митної вартості товарів, які ввозяться на митну територію України у митному режимі імпорту?
Відповідь:
...Якщо митним органом прийнято рішення про коригування (збільшення) заявленої митної вартості товарів, то коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, відображається у рядку 11.1, 11.2 чи 11.3 (в залежності від ставки податку) декларації на дату сплати ПДВ на підставі аркуша коригування до митної декларації."

Отже, у Вас має бути аркуш коригування до МД, складений митним органом, на збільшення митної вартості товарів та відповідно, на збільшення суми імпортного ПДВ.

І тільки на підставі такого аркушу коригування Ви маєте право збільшити суму податкового кредиту в декларації з ПДВ, і відповідно, така сума ПДВ збільшить ліміт реєстрації.

Потурбуйте свого митного брокера, щоб від проконтролював - чи зареєстрував митний орган аркуш коригування на ці списані в бюджет суми і чи немає в цьмоу аркуші помилок по Вашому коду ЄДРПОУ

Додатково рекомендуємо отримати ІПК.

Раді допомогти, звертайтесь ще!