Згідно ст. 55 МКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/4495-17?find=1&text=90+%D0%B4%D0%BD%D1%96%D0%B2#n845):

"Стаття 55. Коригування митної вартості товарів

1. Рішення про коригування заявленої митної вартості товарів, які ввозяться на митну територію України з поміщенням у митний режим імпорту, приймається митним органом у письмовій формі під час здійснення контролю правильності визначення митної вартості цих товарів як до, так і після їх випуску, якщо митним органом у випадках, передбачених частиною шостою статті 54 цього Кодексу, виявлено, що заявлено неповні та/або недостовірні відомості про митну вартість товарів, у тому числі невірно визначено митну вартість товарів.

2. Прийняте митним органом письмове рішення про коригування заявленої митної вартості товарів має містити:

...4) обґрунтування числового значення митної вартості товарів, скоригованої митним органом, та фактів, які вплинули на таке коригування;

5) інформацію про:

а) право декларанта або уповноваженої ним особи на випуск у вільний обіг товарів, що декларуються:

у разі згоди декларанта або уповноваженої ним особи з рішенням митного органу про коригування митної вартості товарів - за умови сплати митних платежів згідно з митною вартістю, визначеною митним органом;

у разі незгоди декларанта або уповноваженої ним особи з рішенням митного органу про коригування заявленої митної вартості товарів - за умови сплати митних платежів згідно із заявленою митною вартістю товарів та надання забезпечення сплати митних платежів відповідно до розділу Х цього Кодексу в розмірі, визначеному митним органом відповідно до частини сьомої цієї статті...

4. Під час митного оформлення при прийнятті митним органом письмового рішення про коригування митної вартості товарів декларант або уповноважена ним особа може здійснити коригування заявленої митної вартості у строк, встановлений частиною другою статті 263 цього Кодексу.

...7. У випадку незгоди декларанта або уповноваженої ним особи з рішенням митного органу про коригування заявленої митної вартості товарів митний орган за зверненням декларанта або уповноваженої ним особи випускає товари, що декларуються, у вільний обіг за умови сплати митних платежів згідно з митною вартістю цих товарів, визначеною декларантом або уповноваженою ним особою, та забезпечення сплати різниці між сумою митних платежів, обчисленою згідно з митною вартістю товарів, визначеною декларантом або уповноваженою ним особою, та сумою митних платежів, обчисленою згідно з митною вартістю товарів, визначеною митним органом, шляхом надання забезпечення сплати митних платежів відповідно до розділу Х цього Кодексу на строк 90 днів з дня випуску товарів.

...11. У разі якщо митним органом протягом строку, зазначеного у частині дев’ятій цієї статті, надано обґрунтовану відмову у визнанні заявленої митної вартості з урахуванням додаткових документів або якщо протягом строку, зазначеного у частині восьмій цієї статті, декларант або уповноважена ним особа не надала митному органу додаткові документи для підтвердження заявленої ним митної вартості товарів, що декларуються, кошти, внесені/переказані як грошова застава у розмірі суми митних платежів, перераховуються до державного бюджету в рахунок сплати відповідних митних платежів наступного робочого дня після закінчення строку, визначеного у частині сьомій цієї статті."

ЗІР (101.24, https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42091):

"Як платнику ПДВ в податковій декларації з ПДВ відобразити коригування (збільшення/зменшення) заявленої митної вартості товарів, які ввозяться на митну територію України у митному режимі імпорту?
Відповідь:
У випадку, коли після митного оформлення товарів, поміщених у митний режим імпорту, змінюється величина митної вартості цих товарів (зменшення митної вартості за рішенням суду або митним органом прийнято рішення про коригування (зменшення) заявленої митної вартості товарів), коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, на дату набуття рішення суду законної сили або на дату прийняття відповідного рішення, відображається на підставі аркуша коригування до митної декларації у рядку 11.1, 11.2 чи 11.3 (в залежності від ставки) податкової декларації з ПДВ (далі – декларація) зі знаком «мінус».
Якщо митним органом прийнято рішення про коригування (збільшення) заявленої митної вартості товарів, то коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, відображається у рядку 11.1, 11.2 чи 11.3 (в залежності від ставки податку) декларації на дату сплати ПДВ на підставі аркуша коригування до митної декларації.

...Рішення про коригування заявленої митної вартості товарів, які ввозяться на митну територію України з поміщенням у митний режим імпорту, приймається митним органом у письмовій формі під час здійснення контролю правильності визначення митної вартості цих товарів як до, так і після їх випуску, якщо митним органом у випадках, передбачених частиною шостою ст. 54 МКУ, виявлено, що заявлено неповні та/або недостовірні відомості про митну вартість товарів, у тому числі невірно визначено митну вартість товарів (п. 1 ст. 55 МКУ).
...Порядок внесення змін до митної декларації та її відкликання визначено пп. 33 – 38 Положення про митні декларації, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 21 травня 2012 року № 450 (далі – Положення № 450).
Згідно з п. 37 Положення № 450 після завершення митного оформлення зміни до МД можуть вноситися, зокрема шляхом заповнення та оформлення митним органом аркуша коригування за формою згідно з додатком 4 Положення № 450.
Порядок оформлення аркуша коригування затверджений наказом Міністерства фінансів України від 06.11.2012 № 1145, зареєстрованим в Міністерстві юстиції України 28.11.2012 за № 1995/22307 (далі – Порядок № 1145).
Відповідно до п. 3 Порядку № 1145 у випадку, зокрема зміни митної вартості імпортних товарів посадовою особою митного органу, яким здійснювався випуск товарів за МД, у строк, що не перевищує 10 робочих днів з дня надходження до митного органу інформації про доплату (повернення) сум митних платежів або реєстрації заяви декларанта (уповноваженої особи) у митному органі, складається аркуш коригування.
...Враховуючи зазначене, у випадку, коли після митного оформлення товарів, поміщених у митний режим імпорту, змінюється величина митної вартості цих товарів (зменшення митної вартості за рішенням суду або митним органом прийнято рішення про коригування (зменшення) заявленої митної вартості товарів), коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, на дату набуття рішення суду законної сили або на дату прийняття відповідного рішення, відображається на підставі аркуша коригування до митної декларації у рядку 11.1, 11.2 чи 11.3 (в залежності від ставки) декларації зі знаком «мінус».
Якщо митним органом прийнято рішення про коригування (збільшення) заявленої митної вартості товарів, то коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, відображається у рядку 11.1, 11.2 чи 11.3 (в залежності від ставки податку) декларації на дату сплати ПДВ на підставі аркуша коригування до митної декларації."

Отже, у Вас має бути аркуш коригування до МД, складений митним органом, на збільшення митної вартості товарів (через 90 днів після митного оформлення) та відповідно, на збільшення суми імпортного ПДВ.

Отже, у Вас може бути така ситуація:

1) Ви сплатили забезпечення по ст. 55 МКУ, але ще не пройшли 90 днів:

Дт 377/митниця Кт 311 - на суму сплаченого мита та імпортного ПДВ як застави

але в бюджет ці суми ще не зараховані, права на податковий кредит немає, висять на переплаті на митниці

2) пройшли 90 днів, кошти списані до бюджету, митник склав аркуш коригування - Вам нарахували мито та імпортний ПДВ. Має бути аркуш коригування до МД, складений митним органом, на збільшення митної вартості товарів та відповідно, на збільшення суми імпортного ПДВ.

в обліку:

Дт 6412 Кт 377/митниця - отримано право на податковий кредит - ставите в декларацію в місяць, коли це відбулося

Дт 281 Кт 377/митниця - мито, якщо Ви надалі не збираєтесь судитися за повернення коштів

або

Дт 90 Кт 377/митниця - мито, якщо через 90 днів товар вже проданий

Додатково рекомендуємо отримати ІПК.

Раді допомогти, звертайтесь ще!