Заголовок тимчасово відсутній

Якщо все відбулося саме так як Ви вказали, то тут ДПС ні при чому..
Саме з ЕЛЕКТРОННОГО рахунку має право списувати якісь кошти тільки держказначейство. І списання можливе або коштів під декларацію, або під Ур на збільшення ряд. 18.
Це передбачено ПКУ:
"200-1.6. За підсумками звітного податкового періоду, відповідно до задекларованих в податковій декларації результатів, а також у разі подання уточнюючих розрахунків до податкової декларації, платником проводиться розрахунок з бюджетом у порядку, визначеному статтями 200 та 209 цього Кодексу."
Та Порядком електронного адміністрування податку на додану вартість (Потснова КМУ № 569 від 16.10.2014, https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/569-2014-%D0%BF#Text):
"20. Для перерахування до бюджету сум узгоджених податкових зобов’язань відповідно до поданої податкової декларації з податку ДПС не пізніше ніж за три робочі дні до закінчення граничного строку, встановленого Кодексом для самостійної сплати податкових зобов’язань, надсилає Казначейству реєстр платників податку, в якому зазначаються найменування або прізвище, ім’я та по батькові платника податку, податковий номер або серія (за наявності) та номер паспорта (для фізичних осіб - підприємців, які мають відмітку в паспорті про право здійснювати будь-які платежі за серією (за наявності) та номером паспорта), індивідуальний податковий номер платника податку, звітний (податковий) період та сума податку, що підлягає перерахуванню до бюджету.
На підставі такого реєстру Казначейство не пізніше останнього дня строку, встановленого Кодексом для самостійної сплати податкових зобов’язань, перераховує суми податку до бюджету з електронних рахунків платника податку.
У разі подання платником податку уточнюючих розрахунків до податкових декларацій з податку за попередні звітні (податкові) періоди, які передбачають збільшення податкових зобов’язань з податку, що підлягають перерахуванню до бюджету, для перерахування таких зобов’язань до бюджету ДПС не пізніше наступного робочого дня подання таких уточнюючих розрахунків надсилає Казначейству реєстр платників податку, в якому зазначаються найменування або прізвище, ім’я та по батькові платника податку, податковий номер або серія (за наявності) та номер паспорта (для фізичних осіб - підприємців, які мають відмітку в паспорті про право здійснювати будь-які платежі за серією (за наявності) та номером паспорта), індивідуальний податковий номер платника податку, звітний (податковий) період та сума податку, що підлягає перерахуванню до бюджету.
На підставі такого реєстру Казначейство перераховує суми податку до бюджету..."
Тому скоріш за все суми штрафу були нараховані по Вашому особовому (рахунку останнім днем сплати по ППР в строк, який був зазаначений в самому ППР, і оскільки Ви не сплатили в цей строк суми по ППР, забралося в оплату ті суми, які казначенйство зарахувало з електронного рахунку по поточній декларації.
Але маємо факт - недоїмка. І оскільки штраф по ППР мабудь нарахувався раніше і раніше забрав на себе оплату, то порахували це як недоїмку по декларації.
Хоча це є фактично недоїмка пр сплаті по ППР, а не по деклараці, що так само призводить до штрафу 5% або 10 % в залежності від затримки оплати.
Додатково рекомендуємо отримати ІПК Раді допомогти, звертайтесь ще